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这份招股说明书是我们使用“储架”注册程序向美国证券交易委员会（“SEC”）提交的注册声明的一部分。根据这一货架登记程序，出售股东可以在一次或多次发售中发售和出售最多6,980，811股我们的普通股。

每次出售股东根据本招股章程发售证券时，我们可能会提供一份招股章程补充文件，其中将包含有关该发售条款的更具体信息；但前提是本招股章程中指定的出售股东可以出售本招股章程“出售股东”标题下指定的该出售股东实益拥有的股份，而无需提供招股章程补充文件。我们还可能授权向您提供一份或多份免费编写的招股说明书，其中可能包含与这些发行有关的重要信息。我们可能授权向贵公司提供的任何招股章程补充文件和任何相关的免费编写招股章程，也可能会添加、更新或更改本招股章程或我们以引用方式并入本招股章程的文件中包含的任何信息。我们敦促您在购买任何所发售的证券之前，仔细阅读本招股说明书、任何适用的招股说明书补充文件和我们授权用于特定发售的任何免费编写的招股说明书，以及标题“通过引用纳入某些信息”下所述的通过引用并入本文的信息。

我们和销售股东没有授权任何经销商、销售人员或其他人提供任何信息或作出任何陈述，但本招股说明书、任何适用的招股说明书补充文件或我们可能授权向您提供的任何相关的免费编写招股说明书中包含或以引用方式并入的信息或陈述除外。我们和出售股东不对他人可能提供给您的任何其他信息的可靠性提供任何保证。本招股章程、本招股章程的任何适用补充文件或任何相关的自由写作招股章程均不构成出售要约或购买与其相关的普通股以外的任何证券的要约邀请，本招股章程、本招股章程的任何适用补充文件或任何相关的自由写作招股章程也不构成在任何司法管辖区向任何在该司法管辖区向其作出该等要约或邀请为非法的人出售或购买证券的要约邀请。

您不应假定本招股章程、任何适用的招股章程补充或任何相关的自由写作招股章程所载的信息在文件正面所列日期之后的任何日期都是准确的，或我们以引用方式并入的任何信息在以引用方式并入的文件日期之后的任何日期都是正确的，即使本招股章程、任何适用的招股章程补充或任何相关的自由写作招股章程在较晚的日期交付，或出售证券。

本招股说明书使用时，“Assembly Bio”、“Assembly”、“公司”、“我们”、“我们的”、“我们”等词语均指Assembly生物及其合并子公司，除非另有说明或文意另有所指。

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我们根据经修订的1934年《证券交易法》（“《交易法》”）向SEC提交年度、季度和当前报告、代理声明和其他信息。我们的SEC文件可在SEC网站www.sec.gov上向公众提供。

SEC允许我们在本招股说明书及任何随附的招股说明书补充文件中“以引用方式并入”信息，这意味着我们可以通过向您推荐单独向SEC提交的另一份文件向您披露重要信息。以引用方式并入的信息被视为本招股说明书及任何随附的招股说明书补充文件的一部分，但被本招股说明书、任何随附的招股说明书补充文件、任何随后提交的被视为以引用方式并入的文件或由我们或代表我们编制的任何自由书写的招股说明书中直接包含的信息所取代的任何信息除外。本招股说明书和任何随附的招股说明书补充文件通过引用纳入了我们之前向SEC提交的下述文件（不包括被视为已提供且未按照SEC规则提交的信息，包括表格8-K的项目2.02和7.01）。

本招股说明书、任何适用的招股说明书补充文件、任何相关的自由写作招股说明书以及我们通过引用纳入本文和其中的文件均包含经修订的1933年《证券法》第27A条（《证券法》）和经修订的1934年《证券交易法》第21E条（《交易法》）含义内的前瞻性陈述。除本招股章程、任何适用的招股章程补充文件、任何相关的自由写作招股章程和任何以引用方式并入的文件中所载的历史事实陈述外的所有陈述，包括关于我们的战略、未来运营、未来财务状况、未来收入、预计成本、前景、计划和管理层目标的陈述，均为前瞻性陈述。这些陈述通常是，但并不总是通过使用诸如“预期”、“相信”、“考虑”、“继续”、“可能”、“估计”、“预期”、“打算”、“可能”、“计划”、“潜力”、“预测”、“项目”、“寻求”、“应该”、“目标”、“将”、“将”和类似的表达方式作出，或者这些术语的否定，或者类似的表达方式。因此，这些陈述涉及可能导致实际结果与其中表达的结果大不相同的估计、假设和不确定性。任何前瞻性陈述均通过参考本招股说明书通篇讨论的因素、任何适用的招股说明书补充和任何相关的自由写作招股说明书，以及通过引用并入本文和其中的信息和文件，特别是“风险因素”一节中提到的那些因素，对其进行整体限定。

前瞻性陈述包括但不限于有关以下方面的陈述：

这些前瞻性陈述是基于我们管理层的信念和假设以及我们管理层目前可获得的信息。这些陈述涉及已知和未知的风险、不确定性和其他因素，可能导致我们的实际结果或事件与这些前瞻性陈述明示或暗示的计划、意图和预期存在重大差异，包括但不限于我们不时向SEC提交的其他文件中描述的风险因素和警示性陈述，特别是在“第1A项：风险因素”和我们截至2024年12月31日止年度的10-K表格年度报告中的其他部分以及本招股说明书和任何适用的招股说明书补充文件中标题为“风险因素”的部分。

本招股说明书、任何适用的招股说明书补充和任何相关的自由写作招股说明书中的前瞻性陈述，以及通过引用并入本文和其中的文件，代表我们截至各自日期的观点。我们预计，随后发生的事件和事态发展将导致我们的观点发生变化。

3

投资我们的证券涉及风险。请参阅我们最近的10-K表格年度报告中描述的风险因素（连同随后提交给SEC的文件中包含的任何重大更改，这些文件通过引用并入本招股说明书和任何随附的招股说明书补充文件）以及我们向SEC提交的其他文件中包含的风险因素，这些文件通过引用并入本招股说明书和任何随附的招股说明书补充文件。在做出投资决定之前，您应该仔细考虑这些风险以及我们在本招股说明书和任何随附的招股说明书补充文件中包含或通过引用纳入的其他信息。这些风险可能会对我们的业务、财务状况或经营业绩产生重大影响，并导致我们的证券价值下降。你可能会损失全部或部分投资。

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我们正在提交本招股说明书构成部分的登记声明，以允许标题为“出售股东”部分中描述的我们普通股股份的持有人转售此类股份。我们没有根据本招股说明书出售任何证券，我们将不会从出售股东实益拥有的普通股股份的出售或其他处置中获得任何收益。

出售股东将支付出售股东因经纪、会计、税务或法律服务而产生的任何承销折扣、佣金和费用或出售股东因处置这些股份而产生的任何其他费用。我们将承担为实现本招股说明书所涵盖的股份登记而产生的所有其他成本、费用和开支，包括但不限于所有登记和备案费用、上市费用以及我们的法律顾问和我们的会计师的费用和开支。

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根据投资者权利协议，我们同意提交本招股说明书，以涵盖出售股东根据购买协议可能向出售股东发行的最多我们普通股股份总数（包括认股权证基础普通股股份）的出售或其他处置。据我们所知，下表列出了截至2025年8月8日有关出售股东对我们普通股股份的实益所有权的信息。下表中有关出售股东的信息已从出售股东处获得。当我们在本招股说明书中提及“发售股东”，或如有要求，对作为本招股说明书一部分的登记声明进行生效后修订时，我们指的是下表中列为发售股份的发售股东，以及其质权人、受让人、受赠人、受让方或利益继承人。在本招股说明书中，当我们提及代表出售股东登记的普通股股份时，我们指的是我们的普通股股份，包括认股权证基础的普通股股份，这些股份可能会根据购买协议发行给出售股东。出售股东可以出售全部、部分或不出售受本招股说明书约束的普通股股份。见下文“分配计划”，因为它可能会不时补充和修订。

发售前为发售股东实益拥有的普通股股份数量使实益所有权限制生效。发售的普通股数量不会使实益所有权限制生效，包括截至2025年8月8日由出售股东实益拥有的我们普通股的所有股份，以及出售股东根据购买协议购买的认股权证基础的我们普通股的所有股份。此次发行前后拥有的股份百分比基于截至2025年8月8日已发行普通股的15,560，009股，其中包括本招股说明书发售的普通股股份。

实益所有权是根据SEC的规则确定的，包括对我们普通股的投票权或投资权，但上述情况除外。一般来说，一个人“实益拥有”我们普通股的股份，如果该人拥有或与他人分享这些股份的投票权或处置这些股份的权利，或者如果该人有权在60天内获得投票权或处分权。将任何股份列入本表并不构成承认以下所列出售股东的实益所有权。

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一般

以下对我们股本的简要描述是基于《特拉华州一般公司法》（“DGCL”）、经修订的我们的公司注册证书和经修订的我们的章程的规定。本说明并不旨在完整，而是通过参考可能不时修订的DGCL全文以及我们的公司注册证书和章程的条款（每项条款均可能不时修订）对其整体进行限定，这些条款通过引用并入作为本招股说明书一部分的注册声明的证据。请参阅“在哪里可以找到更多信息。”如本“股本说明”中使用的，“Assembly Bio”、“Assembly”、“公司”、“我们”、“我们的”和“我们”是指Assembly Biosciences, Inc.，一家特拉华州公司，除非另有说明，否则不包括我们的子公司。

授权股本

我们的法定股本包括150,000，000股普通股，每股面值0.00 1美元，以及5,000，000股优先股，每股面值0.00 1美元。任何类别的授权股份的数目可通过我们的董事会提出的对我们的公司注册证书的修订而增加或减少，并在存在法定人数的我们的股东会议上就该问题投票的大多数已发行股份批准。

普通股

我们的普通股持有人有权就所有有待股东投票的事项每股投一票，并且没有累积投票权。

普通股持有人有权从合法可用的资产或资金中获得可按比例支付的股息（如有），但须遵守可能适用于任何已发行优先股的任何优先权。在我公司发生清算、解散或清盘的情况下，在全额支付所有未偿债务和其他负债后，普通股持有人有权按比例分享所有剩余资产，但须遵守优先股的优先分配权，如果有的话，然后是未偿还的。没有普通股股份拥有购买额外普通股股份的优先购买权或其他认购权。没有适用于普通股的赎回或偿债基金条款。

优先股

我们的董事会被授权在一个或多个系列中发行最多5,000，000股优先股，而无需股东批准。我们的董事会可以决定每一系列优先股的权利、优先权、特权和限制，包括投票权、股息权、转换权、赎回特权和清算优先权。授权我们的董事会发行一个或多个系列的优先股并确定该系列的股票数量及其权利和优先权的目的是消除与股东对特定发行的投票相关的延迟。优先股的授权但未发行股份的存在可能使我们的董事会更加困难或阻止通过合并、要约收购、代理权竞争或其他方式获得我们控制权的企图。上述我们普通股持有人的权利将受制于我们未来可能指定和发行的任何优先股的权利，并可能受到不利影响。发行优先股股票可能会减少可分配给普通股股票持有人的收益和资产数量。此次发行还可能对这些持有人的权利和权力（包括投票权）产生不利影响，并可能产生延迟、阻止或阻止我们控制权变更的效果。

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出售股东，这里所使用的包括受赠人、质权人、受让人或其他利益继承人出售普通股股份或在本招股说明书日期之后从出售股东作为赠与、质押、合伙分配或其他转让而收到的普通股股份权益，可以不时在股票交易的任何证券交易所、市场或交易设施或在私人交易中出售、转让或以其他方式处置其任何或全部普通股股份或普通股股份权益。这些处置可能以固定价格、销售时的现行市场价格、与现行市场价格相关的价格、销售时确定的不同价格或协商价格进行。

出售股东在处置其中的股份或权益时，可以采用以下任何一种或多种方式：

出售股东可以不时质押或授予出售股东拥有的部分或全部普通股股份的担保权益，如果出售股东违约履行其担保义务，质权人或担保方可以不时根据本招股说明书，或根据《证券法》第424（b）（3）条规则或其他适用条款对本招股说明书的修订，将出售股东名单修改为包括质权人，受让人或其他利益承继人作为本招股说明书项下的出售股东。出售股东还可以在其他情况下转让普通股股份，在这种情况下，受让人、质权人、受赠人或其他利益继承人将是本招股说明书所指的出售受益所有人。

就出售我们的普通股或其中的权益而言，出售股东可能会与经纪自营商或其他金融机构进行对冲交易，而后者可能会在他们承担的头寸对冲过程中从事卖空普通股的行为。卖出股票的股东还可以卖空我们的普通股股票并交付这些证券以平仓他们的空头头寸，或者将普通股出借或质押给经纪自营商，而经纪自营商反过来可能会出售这些证券。出售股东还可以与经纪自营商或其他金融机构进行期权或其他交易或创设一种或多种衍生证券，其中要求向该经纪自营商或其他金融机构交付本招股说明书所发售的股份，该股份可根据本招股说明书（经补充或修订以反映该交易）转售。

出售股东提供的普通股出售给出售股东的总收益将是普通股的购买价格减去折扣或佣金（如果有的话）。出售股东保留权利，接受并与其代理人不时一起，全部或部分拒绝直接或通过代理人提出的任何购买普通股的提议。我们将不会从此次发行中获得任何收益。

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除非任何随附的招股说明书补充文件中另有说明，否则Skadden，Arps，Slate，Meagher & Flom LLP将就证券的授权和有效性提供意见。Skadden、Arps、Slate、Meagher & Flom LLP也可能就某些其他事项提供意见。任何承销商将由其自己的法律顾问就法律事项提供建议，该法律顾问将在随附的招股说明书补充文件中列出。

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我们的独立注册会计师事务所Ernst & Young LLP审计了我们的合并财务报表，该报表载于我们截至2024年12月31日止年度的10-K表格年度报告，载于他们的报告中，该报告通过引用方式并入本招股说明书和注册声明的其他部分。我们的财务报表依据安永会计师事务所的报告以引用方式并入，该报告基于其作为会计和审计专家的权威。

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根据1933年《证券法》的要求，注册人证明其有合理理由相信其符合在表格S-3上提交的所有要求，并已妥为安排表格S-3上的这份注册声明由以下签署人代表其于2025年10月14日在加利福尼亚州南旧金山市签署，并因此获得正式授权。

根据经修订的1933年《证券法》的要求，本登记声明已由以下人员以所述身份和日期签署。其签名出现在下文的每一个人，均构成并指定Jason A. Okazaki和John O. Gunderson以及他们每个人，作为他或她的真实和合法的事实上的代理人和代理人，每个人都以完全的替代和重新替代权力行事，代表他或她并以他或她的名义、地点和代替，以任何和所有身份签署对表格S-3上的注册声明以及根据SEC规则462提交的任何注册声明的任何或所有修订（包括生效后的修订）和证物，并将其连同所有证物归档，以及与此有关的所有文件，与SEC一起，授予上述事实上的律师和代理人充分的权力和授权，以做和执行在房地内和在房地周围所做的每一个必要和必要的行为和事情，尽可能充分地达到他或她可能或可能亲自做的所有意图和目的，特此批准和确认所有上述事实上的律师和代理人，或他或她的替代人或替代人，可能凭借本协议合法地做或促使做的所有事情。

根据1933年《证券法》的要求，表格S-3上的这份登记声明已由以下人士以2025年10月14日所示的身份签署。

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