于2025年9月11日向美国证券交易委员会提交。

 

最多2,032，520股普通股

购买最多2,032，520股普通股的最多2,032，520份预融资认股权证

购买最多2,032，520股E系列认股权证购买最多2,032，520股普通股

购买最多2,032，520股普通股的F系列认股权证

最多6,097，560股可于行使

预融资认股权证、E系列认股权证和F系列认股权证

我们将发行最多2,032，520股普通股，每股面值0.0001美元（“普通股”），连同购买最多2,032，520股普通股的E系列认股权证（“E系列认股权证”）和购买最多2,032，520股普通股的F系列认股权证（“F系列认股权证”，连同E系列认股权证，“认股权证”），假设的合并公开发行价格为每股4.92美元，以及随附的认股权证，该价格等于我们的普通股于9月10日在纳斯达克资本市场的收盘价，2025年根据本招股说明书。普通股和认股权证的股份将分别发行，但必须在此次发行中一起购买。每股普通股与一份E系列认股权证一起出售以购买一股普通股和一份F系列认股权证以购买一股普通股。每份认股权证的假定行使价为每股4.92美元（相当于在本次发行中向公众出售一股普通股和随附认股权证的假定合并价格的100%），并将在认股权证行使时自股东批准发行股份的生效日期（“认股权证股东批准”）开始行使；提供了,然而，若定价条件（定义见下文）满足，则无需认股权证股东批准，认股权证在发行时即可行使（“初始行权日”）。E系列认股权证将于首个行权日的五年周年日到期。F系列认股权证将于首个行权日的18个月周年日到期。如本文所用，“定价条件”是指合并后的每股公开发行价格及随附的认股权证如根据纳斯达克 Stock Market LLC（“纳斯达克”）的规则，该认股权证持有人的批准是不需要的，因为（i）该发行是根据纳斯达克规则下的市场发行，且该价格等于或超过（a）TERM3规则5635（d）下适用的每股“最低价格”加上（b）认股权证基础的每股普通股整股0.125美元的总和，或（ii）该发行是折价发行，其中定价和折扣（包括归属于认股权证基础的每股整股0.125美元的价值）符合纳斯达克规则下的定价要求。

我们还提供最多2,032，520份预融资认股权证（“预融资认股权证”），以向那些在本次发行中购买普通股股份将导致买方连同其关联公司和某些关联方在本次发行完成后实益拥有我们已发行普通股超过4.99%（或根据买方的选择，为9.99%）的股份的购买者购买总计2,032，520股普通股，以代替将导致所有权超过4.99%（或根据买方的选择，为9.99%）的普通股股份。每份预融资认股权证将可按每股0.0001美元的行权价行使一股普通股。每份预融资认股权证与上述相同的认股权证一起发行，每一股普通股都将发行。假设每份此类预融资认股权证连同随附认股权证的合并公开发行价格为4.9 199美元，这等于2025年9月10日我们在纳斯达克资本市场的普通股收盘价，减去每份此类预融资认股权证每股0.0001美元的行使价。每份预先注资认股权证将于发行时可行使，并将于悉数行使时届满。预先出资的认股权证和随附的认股权证是可立即分离的，将在本次发行中单独发行，但必须在本次发行中一起购买。对于我们出售的每一份预融资认股权证，我们发售的普通股数量将在一对一的基础上减少。本次发行还涉及在行使认股权证和预融资认股权证时可发行的普通股股份。

本次发行将于2025年10月11日终止，除非我们决定在该日期之前终止发行（我们可酌情在任何时候这样做）。我们将对本次发行中购买的所有证券进行一次平仓。合并后的每股公开发行价格（或预融资认股权证）和随附的认股权证将在本次发行的存续期内固定不变。

我们已聘请H.C. Wainwright & Co.，LLC（“配售代理”）担任我们与此次发行有关的独家配售代理。配售代理已同意尽其合理的最大努力安排出售本招募说明书所提供的证券。配售代理不是购买或出售我们提供的任何证券，并且配售代理不需要安排购买或出售任何特定数量或美元金额的证券。我们已同意向配售代理支付下表所列的配售代理费用，该费用假设我们出售本招股说明书提供的所有证券。没有以托管、信托或类似安排接收资金的安排。没有最低发行要求。我们将承担与此次发行相关的所有费用。见网页「分配计划」18有关这些安排的更多信息，请参阅本招股说明书。

我们的普通股目前在纳斯达克资本市场上市，代码为“BNGO”。2025年9月10日，我们在纳斯达克资本市场的普通股收盘价为4.92美元/股。所有股票、认股权证和预融资认股权证编号均基于假定的每股4.92美元和随附认股权证的合并公开发行价格以及每股预融资认股权证和随附认股权证4.9 199美元。作为此次发行的一部分的预融资认股权证或认股权证没有成熟的公开交易市场，我们预计不会有市场发展。我们不打算申请预融资认股权证或认股权证在任何证券交易所或其他国家认可的交易系统上市。没有活跃的交易市场，预融资的权证和权证的流动性将受到限制。

本招股说明书中的某些信息是基于假设的每股4.92美元的合并公开发行价格和随附的认股权证、我们的普通股于2025年9月10日在纳斯达克资本市场上最后报告的销售价格（或假设的每股预融资认股权证和随附的认股权证的合并公开发行价格为4.9 199美元）。每股及随附认股权证的实际合并公开发行价格和每份预融资认股权证及随附认股权证的实际合并公开发行价格（视情况而定）将由我们、配售代理和本次发行的投资者根据定价时的市场情况确定，并可能低于我们普通股的当前市场价格。因此，本招股说明书通篇使用的近期市场价格可能并不代表最终发行价格。

在您投资我们的任何证券之前，您应该仔细阅读本招股说明书，以及“以引用方式纳入的信息”和“您可以在其中找到更多信息”标题下描述的其他信息。

根据联邦证券法的定义，我们是一家“较小的报告公司”，因此，我们选择遵守本招股说明书的某些减少的上市公司报告要求，并可能在未来的申报中选择这样做。投资我们的证券涉及高度风险。请参阅页面开头的“风险因素”6本招股章程，以讨论与投资我们的证券有关的应予考虑的信息。见“招股说明书摘要——作为一家规模较小的报告公司的意义。”

投资我们的证券涉及高度风险。见页面开头标题为“风险因素”的部分6本招股章程和以引用方式并入本招股章程的文件，以讨论与投资我们的证券有关的应考虑的风险。

证券交易委员会或任何州证券监督管理委员会均未批准或不批准这些证券或传递本招募说明书的充分性或准确性。任何相反的陈述都是刑事犯罪。

特此向买方提供的证券预计将于2025年或前后交付，但须满足惯例成交条件。

H.C. Wainwright & Co。

本招股说明书的日期为，2025。

我们通过引用将重要信息纳入本招股说明书。您可以按照“在哪里可以找到更多信息”下的说明免费获得通过引用并入的信息。在决定投资我们的证券之前，您应该仔细阅读本招股说明书以及“通过引用纳入的信息”下描述的附加信息。

除本招股章程或由我们或代表我们拟备或我们已向贵公司转介的任何自由撰写的招股章程所载的内容外，我们并无授权任何人提供任何资料或作出任何陈述，而配售代理亦无授权任何人提供任何资料或作出任何陈述。我们不承担任何责任，也不能对可靠性提供任何保证，任何其他信息，别人可能会给你。本招股章程仅为出售特此提供的证券的要约，且仅在合法的情况下和在合法的司法管辖区内出售。本招股章程或任何适用的自由写作招股章程所载的资料，仅为截至日期的最新资料，而不论其交付时间或任何出售我们的证券。自该日期起，我们的业务、财务状况、经营业绩和前景可能已发生变化。

本招股章程中以引用方式并入或提供的信息包含统计数据和估计，包括我们从我们自己的内部估计和研究以及从行业和一般出版物以及第三方进行的研究、调查和研究中获得的与我们参与的市场的市场规模和竞争地位有关的数据和估计。行业出版物、研究和调查通常表示，它们是从被认为可靠的来源获得的。虽然我们相信我们内部的公司研究是可靠的，我们的市场和行业的定义是适当的，但这项研究和这些定义都没有得到任何独立来源的验证。

对于美国以外的投资者：我们没有，而且配售代理也没有在任何需要为此目的采取行动的司法管辖区（美国除外）做任何允许本次发售或拥有或分发本招股说明书的事情。美国境外人士凡拥有本招股章程，须知悉并遵守有关证券的发售及本招股章程在美国境外的分发的任何限制。

除非另有说明或文意另有所指，否则本招股章程中所有提及“Bionano”、“本公司”、“我们”、“我们”、“我们的”及类似提述均指Bionano Genomics，Inc.及其子公司，或视文意可能需要，仅指Bionano Genomics，Inc.。“Bionano Laboratories”、“BioDiscovery”和“Purigen”分别指我们的全资子公司Lineagen，Inc.（以Bionano Laboratories开展业务）、BioDiscovery，LLC和Purigen Biosystems，Inc.。

我们的设计徽标“Bionano”以及我们的其他注册和普通法商号、商标和服务标记均为Bionano Genomics, Inc.的财产。本招股说明书中出现的商标、商号和服务标记以及通过引用方式并入本招股说明书的信息均为其各自所有者的财产。仅为方便起见，本招股说明书中提及的商标和商号以及以引用方式并入本招股说明书的信息，包括徽标、艺术品和其他视觉展示，可能会在没有®或TM符号，但此类引用无意以任何方式表明，我们不会根据适用法律在最大程度上主张我们的权利或适用许可人对这些商标和商号的权利。我们不打算使用或展示其他公司的商标、商号或服务标记来暗示与任何其他公司或产品的关系，或由我们背书或赞助。

除历史信息外，本招股说明书包含经修订的1933年《证券法》第27A条和经修订的1934年《证券交易法》（“交易法”）第21E条含义内的前瞻性陈述。前瞻性陈述包括关于我们的信念、计划、目标、目标、期望、预期、假设、估计、意图和未来业绩的陈述，并涉及已知和未知的风险、不确定性和其他因素，这些因素可能超出我们的控制范围，可能导致我们的实际结果、业绩或成就与此类前瞻性陈述明示或暗示的未来结果、业绩或成就存在重大差异。除历史事实陈述之外的所有陈述都是可能是前瞻性陈述的陈述。您可以通过我们使用“可能”、“可以”、“预期”、“假设”、“应该”、“表明”、“将”、“相信”、“考虑”、“预期”、“寻求”、“估计”、“继续”、“计划”、“指向”、“项目”、“预测”、“可能”、“打算”、“目标”、“将”、“潜在”等类似的词语和表达方式来识别这些前瞻性陈述。

有许多重要因素可能导致实际结果与我们所做的任何前瞻性陈述中表达的结果存在重大差异。这些因素包括但不限于：

上述内容并不代表此处包含的前瞻性陈述可能涵盖的事项或我们面临的可能导致我们的实际结果与此类前瞻性陈述中预期的结果不同的风险因素的详尽清单。我们的前瞻性陈述中反映的事件和情况可能无法实现或发生，实际结果可能与前瞻性陈述中预测的结果存在重大差异。有关可能导致我们的实际结果与我们的前瞻性陈述中明示或暗示的结果存在重大差异的重要因素的讨论，您应该参阅本招股说明书的“风险因素”部分。您应在本招股说明书日期后查阅我们将不时向美国证券交易委员会（“SEC”）提交的报告中描述的因素和风险以及其他信息。

所有前瞻性陈述都受到这份警示性说明的明确限定。请注意，不要过分依赖任何前瞻性陈述，这些陈述仅在本招股说明书日期或以引用方式并入本招股说明书的文件日期发表。您应该完整地阅读本招股说明书和我们在本招股说明书中引用并已作为证据提交注册声明的文件，本招股说明书是其中的一部分，并理解我们的实际未来结果可能与我们的预期存在重大差异。我们没有义务，并明确表示不承担任何义务，更新、修改或更正任何前瞻性陈述，无论是由于新信息、未来事件或其他原因。我们真诚地表达了我们的期望、信念和预测，相信它们有合理的基础。然而，我们无法向您保证，我们的期望、信念或预测将会产生或实现或实现。

投资我们的证券涉及高度风险。在购买我们的任何证券之前，您应仔细考虑以下列出的风险因素以及我们截至2024年12月31日的财政年度的10-K表格年度报告中以引用方式并入本招股说明书的风险因素，以及我们的10-Q表格季度报告和8-K表格当前报告中描述的任何后续更新，以及我们的SEC关于10-K、10-Q和8-K表格的报告以及本招股说明书中以引用方式并入的其他文件中列出的风险、不确定性和附加信息。有关这些报告和文件的描述，以及在哪里可以找到它们的信息，请参阅“在哪里可以找到更多信息”和“通过引用纳入的信息”。目前未知或我们目前认为不重要的其他风险可能随后对我们的财务状况、经营业绩、业务和前景产生重大不利影响。

我们的管理层将拥有广泛的酌情权运用所得款项净额，包括用于本招股章程标题为“所得款项用途”一节中所述的任何目的。你们将依赖我们的管理层对这些净收益的使用的判断，而作为你们投资决策的一部分，你们将没有机会评估净收益是否被适当使用。我们的管理层未能有效运用这些资金可能导致财务损失，这可能对我们的业务产生重大不利影响，导致我们的证券价格下跌，并延迟我们的产品和技术的商业化。在这些资金申请之前，我们可能会以不产生收益或失去价值的方式投资此次发行的净收益。

认股权证或预融资认股权证没有既定的公开交易市场，我们预计不会有市场发展。此外，我院拟不申请将认股权证或预资权证在纳斯达克资本市场或任何其他全国性证券交易所或其他国家认可的交易系统上市。没有活跃的市场，权证和预资权证的流动性将受到限制。

特此发售的认股权证和预融资认股权证并不授予其持有人任何普通股所有权份额的权利，例如投票权，而仅代表以固定价格获得普通股股份的权利。具体而言，自发行之日起，认股权证持有人可按假定行使价每股普通股4.92美元获得行使此类认股权证时可发行的普通股股份，预融资认股权证持有人可按行使价每股普通股0.0001美元获得行使此类认股权证时可发行的普通股股份。此外，在本次发行后，认股权证及预资权证的市值不确定，无法保证认股权证或预资权证的市值将等于或超过其各自的公开发行价格。无法保证普通股股份的市场价格将永远等于或超过认股权证或预融资认股权证的行使价，因此，认股权证持有人行使认股权证或预融资认股权证持有人行使预融资认股权证是否将永远有利可图。

在认股权证和预融资认股权证的持有人在行使认股权证时获得我们普通股的股份之前，这些持有人将不会对此类认股权证的基础我们普通股的股份享有任何权利，除非此类认股权证和预融资认股权证的持有人将有权参与认股权证和预融资认股权证中规定的我们普通股的分配或股息。在行使认股权证和预融资认股权证时，持有人将有权仅就记录日期发生在行使日期之后的事项行使普通股股东的权利。

认股权证的假定行使价为每股4.92美元，将自认股权证股东批准生效之日起开始行使；提供了,然而，即在满足定价条件的情况下，将

认股权证将于发行时（“初始行权日”）行使。E系列认股权证将于首个行权日的五年周年日到期。F系列认股权证将于首个行权日的18个月周年日到期。

虽然我们打算迅速寻求认股权证股东的批准，但无法保证将永远获得认股权证股东的批准。如果我们无法获得认股权证股东的批准，认股权证可能没有任何价值。

除了根据联邦证券和州法律在本次发行中向所有购买者提供的权利和补救措施外，签订证券购买协议的购买者还可以向我们提出违约索赔。就违约提出索赔的能力为这些投资者提供了强制执行证券购买协议下他们独有的契约的手段，包括但不限于：（i）及时交付证券；（ii）同意在交易结束后的一段时间内不进行浮动利率融资，但有某些例外情况；（iii）同意在交易结束后的一段时间内不进行任何融资，但有某些例外情况；以及（iv）违约赔偿。

配售代理已同意尽其合理的最大努力征集要约购买本次发行的证券。配售代理没有义务向我们购买任何证券或安排购买或出售任何特定数量或美元金额的证券。没有规定必须出售的证券的最低数量作为完成本次发行的条件。由于没有作为本次发行结束的条件所要求的最低发行金额，向我们提供的实际发行金额、配售代理费用和收益目前无法确定，可能大大低于此处规定的最高金额。我们出售的证券可能少于特此提供的所有证券，这可能会显着减少我们收到的收益金额，如果我们没有出售足够数量的证券来支持我们的持续经营，包括我们的近期持续经营，本次发行的投资者将不会收到退款。因此，我们可能不会筹集我们认为短期内运营所需的资本，可能需要筹集额外资金，这些资金可能无法获得或以我们可接受的条款提供。

如果我们从纳斯达克资本市场退市，或者如果我们无法将我们的上市转移到另一个股票市场，我们公开或私下出售股本证券的能力以及我们普通股的流动性可能会受到不利影响。为了维持这一上市，我们必须满足最低的财务和其他持续上市要求和标准，包括根据纳斯达克上市规则5550（a）（2）维持我们普通股的最低投标价格为每股1.00美元的要求（“最低投标价格要求”）。

我们在过去曾多次未能遵守继续在纳斯达克上市所要求的最低每股收益。例如，在2023年5月30日。我们收到了一封来自纳斯达克的信函（“第一次通知”），通知我们，在第一次通知日期之前的连续30个交易日内，我们普通股的投标价格已收盘低于最低投标价格要求。

虽然我们实施了反向股票分割，自2023年8月4日起生效，这使我们能够暂时满足最低买入价要求，但在2024年7月11日，我们收到了来自纳斯达克的另一封信函（“第二次通知”），通知我们，在第二次通知日期之前的连续30个交易日内，我们普通股的买入价格均收低于最低买入价要求。第二个通知对我们的普通股上市没有影响，我们的普通股继续在纳斯达克交易，代码为“BNGO”。

即使我们已经实施了另一次反向股票分割，自2025年1月24日起生效，并且于2025年2月10日收到纳斯达克的信函，通知我们已重新遵守最低投标价格要求，我们无法向您保证，我们将能够继续满足最低投标价格要求或相互满足继续上市的纳斯达克要求。如果我们不能满足任何关于继续上市的纳斯达克要求，纳斯达克的工作人员可以提供通知，我们的普通股可能会被退市。因此，有

无法保证我们将能够维持在纳斯达克的上市地位。如果我们的普通股在纳斯达克退市，可能会导致许多负面后果，包括对我们普通股的价格产生负面影响、我们普通股的波动性增加、我们普通股的流动性降低、联邦失去对州证券法的优先购买权以及获得融资的更大困难。此外，我们的普通股退市可能会阻止经纪自营商在我们的普通股中做市或以其他方式寻求或产生对我们普通股的兴趣，可能会导致某些卖方分析师失去当前或未来的覆盖范围，并可能完全阻止某些机构和个人投资于我们的证券。此外，根据我们与第三方达成的某些协议，任何此类退市都可能引发违约或违约事件。退市还可能导致我们的客户、合作者、供应商、供应商和员工失去信心，这可能会损害我们的业务和未来前景。

我们从未就我们的股本宣布或支付任何现金股息，您不应依赖对我们普通股的投资来提供股息收入。我们目前打算保留我们所有的未来收益（如果有的话），为我们业务的增长和发展提供资金，并且预计在可预见的未来不会宣布或支付任何现金股息。因此，在可预见的未来，我们普通股的资本增值（如果有的话）将是您唯一的收益来源。

我们估计，此次发行的所得款项净额约为900万美元，假设每股普通股和随附认股权证的合并公开发行价格为4.92美元，在扣除我们应付的配售代理费用和估计发行费用后，假设不出售任何预先融资的认股权证，也不行使根据本协议提供的任何认股权证，则2025年9月10日我们在纳斯达克资本市场的普通股每股收盘价。然而，由于这是一次尽力而为的发行，且没有作为本次发行结束的条件所要求的最低发行金额，实际发行金额、向我们支付的配售代理费用和所得款项净额目前无法确定，可能大大低于本招股说明书封面所载的最高金额。因此，我们收到的净收益可能会大大减少。我们估计，在扣除我们应付的估计配售代理费用和估计发行费用，并假设没有出售任何预先融资的认股权证并假设认股权证没有行使后，我们出售本次发行的最大发售证券数量的75%、50%和25%的所得款项净额将分别约为670万美元、430万美元和200万美元。

假设每股普通股和随附认股权证4.92美元的假设合并公开发行价格增加或减少0.10美元，将使本次发行的净收益增加或减少约20万美元，假设本招股说明书封面所载由我们提供的普通股和随附认股权证的股份数量保持不变，并在扣除我们应付的估计配售代理费用和估计发行费用后。假设假设每股普通股和随附认股权证的假定合并公开发行价格为4.92美元保持不变，并在扣除配售代理费用和我们应付的估计发行费用后，我们提供的100,000股普通股和随附认股权证的增减将使我们的收益增加或减少约0.5百万美元。

这些估计不包括行使在本次发行中发行的认股权证的收益（如有）。如果本次发行中发行的所有认股权证以现金行使，假设行使价为每股普通股4.92美元，我们将获得约2000万美元的额外收益。我们无法预测这些认股权证何时或是否会被行使。这些认股权证有可能到期，可能永远不会被行使。此外，认股权证包含一项无现金行使条款，允许在《证券法》下没有涵盖基础股份发行的有效登记声明的任何时间以无现金方式行使认股权证。

我们打算将此次发行的净收益用于营运资金和一般公司用途。这些预期用途代表了我们基于我们当前计划和业务条件的意图，随着我们的计划和业务条件的发展，未来可能会发生变化。这些支出的金额和时间将取决于许多因素，包括我们当前业务举措的发展。我们目前没有具体的收购计划。截至本招股章程日期，我们无法确定地指明本次发行所得款项净额的所有特定用途。因此，我们的管理层将拥有广泛的酌情权应用本次发行的净收益，而投资者将依赖我们的管理层关于本次发行的净收益应用的判断。我们实际支出的金额和时间将取决于许多因素，包括本招股说明书中“风险因素”以及通过引用并入本文和其中的文件中描述的因素。

待申请上述所得款项净额后，我们拟将本次发行所得款项净额投资于短期、投资级、计息证券。

我们从未就股本宣派或派发现金红利。我们目前打算保留任何未来收益，以用于我们的业务运营，并且不打算在可预见的未来宣布或支付任何现金股息。任何未来决定对我们的股本支付股息将由我们的董事会酌情决定，但须遵守适用的法律，并将取决于我们的财务状况、经营业绩、资本要求、一般业务状况和我们的董事会认为相关的其他因素。

以下摘要描述了我们根据《交易法》第12条注册的证券、经修订的经修订和重述的公司注册证书的某些条款（“重述的证书”）、经修订的经修订和重述的公司和章程（“章程”），以及特拉华州一般公司法（“DGCL”）的某些条款。因为它只是一个摘要，以下对我们股本的描述并不完整，也不包含所有可能对您很重要的信息。以下摘要受制于并通过参考我们重述的证书和章程进行整体限定，其副本作为我们于2025年8月14日向SEC提交的截至2025年6月30日的季度的10-Q表格季度报告的证据提交，以及证券的形式，其副本作为本招股说明书构成部分的注册声明的证据提交，通过引用并入本文。

重述的证书授权我们发行400,000，000股普通股，每股面值0.0001美元，以及10,000，000股优先股，每股面值0.0001美元。除纳斯达克股票市场有限责任公司上市标准要求外，我们的董事会有权在无需股东批准的情况下增发我们股本的股票。此外，我们的董事会有权在一个或多个系列中指定我们优先股的权利、偏好、特权、资格和限制，而无需我们的股东采取进一步行动。

截至2025年9月9日，发行在外的普通股为4,755，265股。我们授权但未发行的普通股和优先股可供发行，无需我们的股东采取进一步行动，除非适用法律或我们的证券未来可能上市或交易的任何证券交易所或自动报价系统的规则要求采取此类行动。

我们的普通股有权就提交给股东投票的所有事项（包括选举董事）对记录在案的每一股拥有一票表决权，并且没有累积投票权。重述证书建立分类董事会，分为三个等级，交错三年任期。只有一个职类的董事将由我们的股东的每一次年度会议上投票的复数进行选举，其他职类的董事在各自三年任期的剩余时间内继续任职。

除非在重述的证书中另有明确规定或适用法律要求，否则普通股的所有股份享有相同的权利和特权，并享有同等地位、按比例分享，并且在所有事项的所有方面都是相同的，包括下文所述的事项。

股息.根据可能适用于任何当时尚未发行的优先股的优惠，普通股持有人有权获得股息（如果有的话），这可能是我们的董事会不时从合法可用的资金中宣布的。

清算权.在我们清算、解散或清盘的情况下，我们的普通股持有人有权在我们的所有债务和其他负债得到偿付后，按比例分享合法可供分配给股东的净资产，但须满足授予任何已发行优先股持有人的任何清算优先权。

我们普通股的持有人无权享有优先购买权，也不受转换、赎回或偿债基金条款的约束。我们普通股持有人的权利、优惠和特权受制于我们未来可能指定和发行的任何系列我们优先股的股份持有人的权利，并可能受到不利影响。

我们的董事会可能会授权发行具有投票权或转换权的优先股，这可能会对普通股持有人的投票权或其他权利产生不利影响。优先股发行，

虽然在可能的收购和其他公司目的方面提供了灵活性，但除其他外，可能会产生延迟、推迟或阻止我们控制权的变化的效果，否则可能会使我们的普通股持有人受益，并可能对普通股的市场价格以及普通股持有人的投票权和其他权利产生不利影响。

DGCL、重述证书和章程的规定，其某些规定概述如下，可能具有延迟、推迟或阻止另一人获得我公司控制权的效果。它们还部分旨在鼓励寻求获得我们控制权的人首先与我们的董事会进行谈判。我们认为，加强保护我们与不友好或不请自来的收购方进行谈判的潜在能力的好处大于阻止收购我们的提议的坏处，因为就这些提议进行谈判可能会改善其条款。

我们受DGCL第203条的约束，该条禁止特拉华州公司在该股东成为相关股东之日起三年内与任何相关股东进行任何业务合并，但以下例外情况除外：

一般来说，第203节对“企业合并”的定义包括以下内容：

一般来说，第203条将“感兴趣的股东”定义为一个实体或个人，该实体或个人连同该个人的关联公司和联系人，实益拥有公司，或者是公司的关联公司或联系人，并且在确定感兴趣的股东地位之前的三年内确实拥有公司15%或更多的已发行有表决权的股票。

特拉华州公司可以在其公司注册证书中明确规定“选择退出”这些规定。我们没有选择退出这些条款，这些条款可能会因此阻止或阻止我们的合并或其他收购或控制权变更尝试。

除其他事项外，重述的证书及附例：

上述规定使得另一方很难通过更换我们的董事会来获得对我们的控制权。由于我们的董事会有权保留和解除我们的高级管理人员，这些规定也可能使现有股东或另一方更难实现管理层的变动。此外，非指定优先股的授权使我们的董事会能够发行具有投票权或其他权利或优先权的优先股，这些权利或优先权可能会阻碍或阻止通过合并、要约收购、代理权竞争或其他方式获得我们控制权的企图。

这些条款旨在降低我们对主动提出的收购提议的脆弱性，并阻止某些可能在代理权争夺中使用的策略。然而，这些规定可能会产生阻止他人对我们的股票提出要约收购的效果，并可能产生阻止恶意收购或推迟我们控制权或管理层变化的效果。因此，这些规定也可能会抑制实际或传闻中的收购企图可能导致的我们股票市场价格的波动。

重述的证书规定，特拉华州衡平法院是以下情况的专属法院：（i）代表我们提起的任何派生诉讼或程序；（ii）声称我们的任何董事、高级职员或其他雇员对我们或我们的股东所欠的违反信托义务的索赔的任何诉讼；（iii）根据特拉华州一般公司法对我们或我们的任何董事或高级职员或其他雇员提出索赔的任何诉讼，重述的证书或章程；或（iv）根据内部事务原则对我们或我们的任何董事或高级职员或其他雇员提出索赔的任何诉讼。重述的证书进一步规定，美国联邦地区法院将是解决任何声称根据经修订的1933年《证券法》产生的诉讼因由的投诉的唯一论坛。重述证书的这些诉讼地选择条款将不适用于为强制执行《交易法》产生的义务或责任而提起的诉讼。

我们普通股的转让代理和注册商是Equiniti Trust Company，LLC。

我们的普通股目前在纳斯达克资本市场上市，代码为“BNGO”。

我们提供最多2,032，520股普通股，E系列认股权证购买最多2,032，520股普通股，F系列认股权证购买最多2,032，520股普通股。我们还向那些在本次发行中购买普通股股份将导致买方连同其关联公司和某些关联方在本次发行完成后实益拥有超过4.99%（或根据买方的选择，拥有9.99%）我们已发行普通股股份的购买者提供预融资认股权证，以代替将导致此类超额所有权的普通股股份。每份预融资认股权证将可行使一股普通股。每份预融资认股权证与上述相同的认股权证一起发行，每一股普通股都将发行。对于我们出售的每一份预融资认股权证，我们发行的普通股数量将在一对一的基础上减少。普通股或预融资认股权证的股份（视情况而定）以及随附的认股权证只能在本次发行中一起购买，但普通股和预融资认股权证的股份以及随附的认股权证是立即可分离的，并将在本次发行中单独发行。我们还在登记在行使预融资认股权证和特此提供的认股权证时可不时发行的普通股股份。

我们普通股的重要条款和规定在本招股说明书“股本说明”一节中进行了描述。

以下是在此发售的E系列认股权证和F系列认股权证的某些条款和规定的摘要，这些条款和规定并不完整，并受认股权证的规定的约束，并在其整体上受其规定的限制，其形式将作为证据提交给本招股说明书构成部分的登记声明。准投资者应仔细查阅E系列认股权证的形式和F系列认股权证的形式的条款和规定，以获得适用认股权证的条款和条件的完整描述。E系列认股权证和F系列认股权证除期限外完全相同，如下所述。

特此发行的每份认股权证的假定行使价将等于4.92美元（相当于本次发行中向公众出售一股普通股和随附认股权证的假定合并价格的100%）。认股权证自认股权证持有人批准生效之日起开始行权；提供了,然而、在定价条件满足的情况下，认股权证在发行时即可行权（“初始行权日”）。E系列认股权证将于首个行权日的五年周年日到期。F系列认股权证将于首个行权日的18个月周年日到期。认股权证行使时可发行的普通股的行权价格和股份数量将在发生股票分红、股票分割、重组或类似事件影响我们的普通股和行权价格时进行适当调整。认股权证将分别与普通股或预融资认股权证分开发行，随后可立即单独转让。认股权证将仅以凭证形式发行。

我们打算迅速、且在任何情况下不迟于本次发行完成后的90天内，寻求认股权证股东批准发行在行使认股权证时可发行的普通股股份，但我们无法向您保证将获得此类股东批准；提供了,然而，即，当且仅当定价条件得到满足时，我们将不寻求认股权证股东的批准。我们已与本次发行的投资者达成一致，如果我们在本次发行后的第一次股东大会上为此目的行使认股权证时未获得认股权证股东对发行普通股股份的批准，我们将在此后每90天召开一次股东大会，直至我们获得此类批准或认股权证不再未发行之日（以较早者为准），但前提是，当且仅当定价条件得到满足时，我们将不寻求认股权证股东的批准。

认股权证将可由每个持有人选择全部或部分行使，方法是向我们交付一份正式签署的行使通知，同时全额支付在该行使时购买的我们普通股的股份数量（下文讨论的无现金行使情况除外）。持有人（连同其联属公司）不得行使该持有人认股权证的任何部分，以该持有人将拥有超过4.99%的

紧接行使后的已发行普通股，但在持有人至少提前61天通知我们后，持有人可在行使持有人的认股权证后增加已发行股票的所有权数量，最高可达行使生效后我们已发行普通股股份数量的9.99%，因为所有权百分比是根据认股权证的条款确定的。

如果在持有人行使其认股权证时，根据《证券法》登记发行或转售认股权证所依据的普通股股份的登记声明届时无法有效或可用于发行此类股份，则代替在此类行使时向我们支付以其他方式预期支付的现金，以支付总行权价格，持有人可以选择在此类行使时（全部或部分）接收根据认股权证中规定的公式确定的普通股净股数。

如果发生任何基本交易，如认股权证中所述，一般包括与另一实体合并或合并、出售我们的全部或几乎全部资产、要约收购或交换要约，或对我们的普通股进行重新分类，则在随后行使认股权证时，持有人将有权收取在紧接此类基本交易发生之前在此类行使时可发行的每一股我们的普通股作为替代对价，承继人或收购法团或本公司（如为存续法团）的普通股股份数目，以及紧接该事件前可行使认股权证的本公司普通股股份数目的持有人在该交易时或因该交易而应收的任何额外代价。尽管有上述规定，在发生基本交易的情况下，认股权证持有人有权要求我们或继承实体在基本交易完成之日，在基本交易完成的同时或在基本交易完成后30天内，以认股权证剩余未行使部分的Black-Scholes价值（定义见每份认股权证）的金额将认股权证赎回为现金。

然而，如果发生不在我们控制范围内的基本交易，包括未经我们董事会批准的基本交易，认股权证持有人将仅有权从我们或我们的继承实体收到截至该基本交易完成之日的相同类型或形式的对价（且比例相同），其价格为就基本交易向我们的普通股持有人提供和支付的认股权证未行使部分的Black Scholes价值，该对价是否以现金、股票或现金和股票的任何组合形式存在，或者我们普通股的持有人是否有权选择接受与基本交易相关的其他形式的对价。

在符合适用法律的情况下，持有人可在向我们交出认股权证时选择转让认股权证，连同适当的转让文书。

认股权证行使后将不会发行零碎普通股。相反，将发行的普通股股份数量将根据我们的选择，要么四舍五入到最接近的整数，要么我们将就该最终分数支付现金调整，金额等于该分数乘以行使价。

权证没有既定的交易市场，我们预计不会发展出活跃的交易市场。我们不打算申请认股权证在纳斯达克资本市场或任何其他证券交易所或其他交易市场上市。没有交易市场，权证的流动性将极为有限。认股权证行使时可发行的普通股股份目前在纳斯达克资本市场交易。

除非认股权证另有规定，或凭藉持有人对我们普通股股份的所有权，该认股权证持有人不享有我们普通股持有人的权利或特权，包括任何投票权，直至该持有人行使该持有人的认股权证。

未经在本次发行中购买的认股权证的大多数持有人书面同意，不得修改或放弃认股权证的期限。

以下对正在发售的预融资认股权证的某些条款和规定的摘要并不完整，并受制于预融资认股权证的规定，并在其整体上受制于预融资认股权证的规定，其形式将作为证据提交给本招股说明书构成部分的登记声明。准投资者应仔细查阅预资权证形式的条款和规定，以获得预资权证条款和条件的完整描述。

特此发售的每份预融资认股权证，每股普通股的初始行权价将等于0.0001美元。预先注资的认股权证将即时可行使，并将于悉数行使时届满。在发生股份分红、股份分割、重组或类似事件影响我们的普通股股份和行权价格的情况下，行权时可发行的普通股的行权价格和股份数量将进行适当调整。

预融资认股权证将可由每个持有人选择全部或部分行使，方式是向我们交付一份正式执行的行使通知，并随同全额支付在该行使时购买的普通股数量（下文讨论的无现金行使情况除外）。持有人（连同其联属公司）不得行使预融资认股权证的任何部分，只要持有人在紧接行权后将拥有超过4.99%的已发行普通股股份，除非持有人至少提前61天通知我们，持有人可在行使持有人的预融资认股权证后增加已发行股份的实益所有权，最高可达在行权生效后我们已发行普通股股份数量的9.99%，因此，百分比所有权是根据预先出资认股权证的条款确定的。本次发行中的预融资认股权证的购买者还可以在预融资认股权证发行之前选择将初始行权限制设定为我们已发行普通股的9.99%。

持有人可选择在该行使时（全部或部分）收取根据预融资认股权证中规定的公式确定的普通股股份数量，而不是在该行使时以其他方式向我们支付现金以支付总行使价。

行使预先注资认股权证后，将不会发行零碎普通股。相反，在我们的选举中，将发行的普通股的股份数量将四舍五入到最接近的整数，或者我们将支付现金调整，金额等于该分数乘以行权价。

在符合适用法律的情况下，持有人可在将预融资认股权证连同适当的转让工具一起交还给我们时自行选择转让预融资认股权证。

预资权证在任何证券交易所或国家认可的交易系统都没有可供交易的市场，我们预计不会发展交易市场。我们不打算将预资权证在纳斯达克资本市场或任何其他证券交易所或国家认可的交易市场上市。没有交易市场，预资权证的流动性将极为有限。预融资认股权证行使时可发行的普通股股份目前在纳斯达克资本市场交易。

除预先出资认股权证另有规定或凭借该持有人对普通股股份的所有权外，预先出资认股权证持有人在行使其预先出资认股权证之前不享有我们普通股股份持有人的权利或特权，包括任何投票权。预先出资的认股权证将规定，持有人有权参与我们的普通股股份的分配或股息支付。

如果发生基本交易，如预融资认股权证中所述，一般包括我们的普通股股份的任何重组、资本重组或重新分类，出售、转让或以其他方式处置我们的全部或几乎全部财产或资产，我们与另一人合并或合并或并入另一人，收购我们已发行证券的50%或更多，或任何个人或团体成为我们已发行证券股份所代表的50%或更多投票权的实益拥有人，预融资认股权证持有人将有权在行使预融资认股权证时获得持有人在紧接该基本交易之前行使预融资认股权证本应获得的证券、现金或其他财产的种类和金额。

根据日期为2025年7月9日的委聘协议（“委聘协议”），我们已委聘H.C. Wainwright & Co.，LLC作为我们的独家配售代理，以在合理的最大努力基础上征求购买本招股章程所提供证券的要约。委聘协议不会导致配售代理作出任何购买我们任何证券的承诺，且配售代理将无权凭借委聘协议对我们具有约束力。配售代理没有购买或出售任何证券，也没有被要求安排购买和出售任何特定数量或美元金额的证券，除非尽其“合理的最大努力”安排我们出售该证券。因此，我们可能不会卖出所提供的全部证券金额。

本次发行的条款取决于市场情况以及我们、配售代理和潜在投资者之间的谈判。配售代理将无权凭借订约书约束我们。这是一次尽力而为的发行，没有作为完成此次发行的条件的最低收益金额。投资者购买特此提供的证券将有选择权与我们签署证券购买协议。除了根据联邦证券和州法律在本次发行中向所有购买者提供的权利和补救措施外，订立证券购买协议的购买者还将能够向我们提出违约索赔。配售代理可就发售聘请一名或多名次级代理或选定交易商。就违约提出索赔的能力对本次发行中较大的购买者来说是重要的，以此作为一种手段，以执行证券购买协议下他们独有的以下契约：（i）在发行结束后的一年内不进行浮动利率融资的契约，但某些例外情况除外；（ii）在发行结束后的30天内不进行任何股权融资的契约，但某些例外情况除外。

证券购买协议中的陈述、保证和契诺的性质将包括：

特此提供的证券预计将于2025年或前后交付，但须满足某些惯例成交条件。

下表显示了我们将就本次发行中的证券销售支付的每股和随附认股权证、每份预融资认股权证和随附认股权证以及总配售代理费用。

我们已同意向配售代理支付总额相当于此次发行募集资金总额的6.0%的现金费用，以及相当于此次发行募集资金总额的0.5%的管理费。我们将向配售代理偿还50,000美元的不记名费用津贴、其法律费用和开支以及其他自付费用，金额高达100,000美元，路演费用高达5,000美元，以及与此次发行相关的清算费用高达15,950美元。我们估计，我们将支付的本次发行的总发行费用，不包括配售代理费用和开支，将约为160,093美元。扣除配售代理费用和我们估计的发行费用后，我们预计此次发行的净收益约为900万美元。

在发行完成的情况下，如果我们决定在本次发行完成后九个月之前的任何时间通过公开发行（包括场内融资）或私募或任何其他股本、股权挂钩或债务证券（传统债务融资或风险债务融资或股权信贷额度除外）筹集资金，我们已向配售代理授予优先购买权，据此，如果我们决定通过公开发行（包括场内融资）或私募或任何其他资本筹集融资（传统债务融资或风险债务融资或股权信贷额度除外）筹集资金，我们有权作为独家簿记管理人、承销商或配售代理（如适用）。

如配售代理在我们与配售代理订立的委聘协议期限内接触或由配售代理介绍给我们的任何投资者在我们与配售代理订立的委聘协议终止或届满后九个月内在公开或非公开发行或其他任何种类的融资或集资交易（各自称为“尾部融资”）中向我们提供任何资金，我们将就该等投资者在该等尾部融资中筹集的总收益向配售代理支付上述提供的现金和认股权证补偿。

每股合并公开发行价格及随附认股权证、我们所发售的每份预融资认股权证及随附认股权证的合并公开发行价格以及预融资认股权证和认股权证的行权价格和其他条款是我们与投资者根据本次发行前我们普通股的交易情况（其中包括）与配售代理协商确定的。在厘定我们所发售证券的公开发售价格及预融资认股权证及认股权证的行使价格及其他条款时所考虑的其他因素包括我们公司的历史及前景、我们业务的发展阶段、我们对未来的业务计划及其实施的程度、对我们管理层的评估、发售时证券市场的一般情况以及被认为相关的其他因素。

我们的每一位高级职员和董事已与配售代理商定，在本招股说明书日期之后的60天的锁定期。这意味着，在适用的锁定期内，我们不得要约出售、合同出售或出售我们普通股的任何股份或任何可转换为、可行使或可交换我们普通股股份的证券，但须遵守某些惯例例外情况，例如根据我们现有的计划向董事、高级职员、雇员和顾问发行股票期权。配售代理可全权酌情决定并在不发出通知的情况下豁免任何该等锁定协议的条款。此外，除某些例外情况外，我们已同意在本次发行结束日期后的30天内不发行任何普通股或可行使或可转换为普通股的证券，并且不发行任何根据我们普通股的交易价格或未来特定或或有事件进行价格重置的证券，或签订协议以未来确定的价格发行证券，直至发行结束日期后一年的日期。

我们普通股的转让代理是Equiniti Trust Company，LLC。

我们的普通股目前在纳斯达克资本市场上市，代码为“BNGO”。2025年9月10日，我们普通股的每股收盘价为4.92美元。

我们已同意就某些责任向配售代理作出赔偿，包括根据《证券法》产生的某些责任以及因违反我们与配售代理的订约函中所载的陈述和保证而产生的责任。我们还同意为配售代理可能被要求为这些负债支付的款项作出贡献。

此外，我们将赔偿与我们订立证券购买协议的本次发行证券的购买者因（i）违反我们在证券购买协议或相关文件中作出的任何陈述、保证、契诺或协议或（ii）第三方（与该购买者有关联的第三方除外）就证券购买协议或相关文件及由此设想的交易对购买者提起的任何诉讼而产生或与之相关的责任，但某些例外情况除外。

配售代理可被视为《证券法》第2（a）（11）节所指的承销商，其收取的任何费用以及其在担任委托人期间出售证券实现的任何利润可被视为《证券法》规定的承销折扣或佣金。配售代理将被要求遵守《证券法》和《交易法》的要求，包括但不限于《交易法》第10b-5条和第M条。本规章制度可能会限制配售代理买卖我司证券的时间安排。根据这些规则和规定，配售代理不得（i）从事与我们的证券有关的任何稳定价格活动；以及（ii）投标或购买我们的任何证券或试图诱使任何人购买我们的任何证券，除非《交易法》允许，直到其完成参与分销。

配售代理及其关联公司在过去和将来与我们或我们的关联公司在日常业务过程中从事投资银行交易和其他商业交易。配售代理可能会在未来收到这些交易的惯常费用和佣金。

此外，配售代理及其关联机构在日常经营活动过程中，可能会为自己的账户和客户的账户进行或持有广泛的投资并积极交易债权和权益类证券（或相关衍生证券）。此类投资和证券活动可能涉及我们或我们的关联公司的证券和/或工具。配售代理及其关联机构也可能就此类证券或金融工具提出投资建议和/或发表或发表独立研究观点，并可能持有或向客户推荐其获取的此类证券和工具的多头和/或空头头寸。

除本招股章程所披露外，我们与配售代理目前并无任何进一步服务的安排。配售代理担任我们在2025年1月、2024年10月、2024年7月和2024年4月注册直接发行的独家配售代理，目前担任我们在市场发售计划下的独家销售代理。

电子格式的招股说明书可在配售代理维护的网站上提供，配售代理可通过电子方式分发招股说明书。除电子格式的招股章程外，这些网站上的信息不属于本招股章程或本招股章程构成其组成部分的注册声明的一部分，未经我们或配售代理批准和/或背书，不应被投资者所依赖。

SEC允许我们将向其提交的信息“以引用方式并入”到本招股说明书中，这意味着我们可以通过向您推荐单独向SEC提交的那些文件来向您披露重要信息。以引用方式并入的信息是本招股说明书的重要组成部分。以引用方式并入的信息被视为本招股说明书的一部分，我们随后向SEC提交的信息将自动更新并取代本招股说明书中包含的信息。

本招股章程以引用方式纳入下列文件及报告：

在本登记声明生效之日之后和本招股说明书日期之后但在本招股说明书所述证券的发售终止之前（不包括根据表格8-K的项目2.02和7.01提供的信息），我们根据《交易法》第13（a）、13（c）、14或15（d）条提交的所有其他报告和文件应被视为通过引用并入本招股说明书。

尽管有前几段的陈述，我们根据《交易法》向SEC“提供”的任何文件、报告或展览（或上述任何部分）或任何其他信息均不得通过引用并入本招股说明书。

任何载于本招股章程或载于以引用方式并入或被视为以引用方式并入本招股章程的文件的陈述，如载于本招股章程或任何其后提交的本招股章程补充文件的陈述，或被视为以引用方式并入本招股章程的文件的陈述，则该等陈述将被视为被修改或取代。任何经如此修改或取代的陈述，除经如此修改或取代外，不应被视为构成本招募说明书的一部分。

您可以通过我们或通过SEC网站从SEC获取以引用方式并入本招股说明书的任何文件，网址为www.sec.gov.经书面或口头请求，我们将免费向您提供以引用方式并入的任何或所有文件的副本，包括通过以下地址书面或电话向我们提供这些文件的展品：

Bionano Genomics, Inc.

9540 Towne Centre Drive，Suite 100

加利福尼亚州圣地亚哥92121

电话：（858）888-7600

你们应仅依赖于本招股说明书中以引用方式并入或提供的信息。我们没有授权任何其他人代表我们提供不同或额外的信息。这些证券的要约不会在不允许要约或出售的任何司法管辖区提出。你不应假定本招股章程中的资料在该等相关文件的日期以外的任何日期都是准确的。

本招股说明书是我们向SEC提交的注册声明的一部分。本招股说明书不包含注册声明和注册声明的证据中列出的所有信息。

有关我们和我们根据本招股说明书提供的证券的进一步信息，请您参阅注册声明以及作为注册声明一部分提交的证物和附表。你方应仅依赖本招股章程所载或以引用方式并入本招股章程的资料。我们没有授权其他任何人向您提供不同的信息。我们没有在任何不允许要约的司法管辖区提出这些证券的要约。您应假定本招股说明书或以引用方式并入本招股说明书的任何文件所包含的信息仅在这些相应文件的日期是准确的，无论本招股说明书的交付时间或我们的任何证券出售时间如何。

我们向SEC提交年度、季度和当前报告、代理声明和其他信息。我们的SEC文件可通过商业文件检索服务和互联网在SEC网站上向公众提供，网址为http://www.sec.gov.

我们维护一个网站在www.bionanogenomics.com.在以电子方式向SEC提交或提供此类材料后，您可以在合理可行的范围内尽快在我们的网站上免费访问我们的10-K表格年度报告、10-Q表格季度报告、8-K表格当前报告以及根据《交易法》第13（a）或15（d）条向SEC免费提交或提供的报告的修订。我们网站中包含或可通过我们网站访问的信息未通过引用并入本招股说明书，也不属于本招股说明书的一部分。

特此提供的证券的有效性和某些其他法律事项将由北卡罗来纳州夏洛特的Troutman Pepper Locke LLP为我们传递。某些法律事务将由Haynes and Boone，LLP，New York，New York转交给配售代理。

Bionano Genomics, Inc.（本公司）截至2024年12月31日及2023年12月31日止各年度的综合财务报表以及以引用方式并入本招股章程及注册声明的各年度的综合财务报表已依据独立注册公共会计师事务所BDO USA，P.C.的报告如此并入，该报告是根据该事务所作为审计和会计专家的授权授予的。关于合并财务报表的报告载有关于公司持续经营能力的解释性段落。

 

H.C. Wainwright & Co。

本招股说明书的日期为，2025。

下表列出了除配售代理费用和佣金外，我们就销售和分销正在注册的证券而应支付的成本和费用。显示的所有金额都是估算值，除了SEC注册费和FINRA申请费：

我们是根据特拉华州的法律注册成立的。特拉华州《一般公司法》第145条规定，特拉华州公司可以赔偿任何曾经、现在或被威胁成为任何受到威胁、未决或已完成的诉讼、诉讼或程序的当事人的人，不论是民事、刑事、行政或调查（该公司的诉讼或有权采取的诉讼除外），原因是该人是或曾经是该公司的高级职员、董事、雇员或代理人，或现在或正在应该公司的要求担任高级职员、董事，另一公司或企业的雇员或代理人。赔偿可包括费用（包括律师费）、判决、罚款及该人就该诉讼、诉讼或法律程序实际及合理招致的和解款项，但该人的行为是善意的，其方式是他或她合理地认为符合或不违背公司的最佳利益，且就任何刑事诉讼或法律程序而言，没有合理理由相信他或她的行为是非法的。特拉华州法团可就任何曾经、现在或被威胁成为该法团的任何受威胁、待决或已完成的诉讼或诉讼的一方或因该人是或曾经是该法团的董事、高级人员、雇员或代理人，或现在或正在应该法团的要求担任另一法团或企业的董事、高级人员、雇员或代理人的事实，向该人作出赔偿。赔偿可包括该人就该等诉讼或诉讼的抗辩或和解而实际及合理招致的开支（包括律师费），条件是该人以善意行事，并以他或她合理地认为符合或不反对法团最佳利益的方式行事，但如裁定该高级人员或董事对法团负有法律责任，则未经司法批准不得作出赔偿。凡高级人员或董事在上述任何诉讼的案情或其他方面的抗辩中胜诉，法团须就其实际及合理招致的开支（包括律师费）作出赔偿。

我们经修订和重述的公司注册证书（经修订）以及我们经修订和重述的章程规定在特拉华州一般公司法允许的最大范围内对我们的董事和高级职员进行赔偿。特拉华州《一般公司法》第102（b）（7）条允许公司在其公司注册证书中规定，公司的董事或高级管理人员不得因违反作为董事或高级管理人员的受托责任而对公司或其股东承担金钱损失的个人责任，但以下任何责任除外：

我们经修订和重述的公司注册证书，经修订，包括关于我们的董事的这样一条规定。任何高级人员或董事为任何该等诉讼、诉讼或事先程序进行抗辩而招致的开支

如果最终确定该董事或高级管理人员无权获得我们的赔偿，我们将在向我们交付由该董事或高级管理人员或代表该董事或高级管理人员作出的偿还所有如此预付的款项的承诺时支付其最终处置。

美国特拉华州《一般公司法》第174条规定，除其他事项外，故意或疏忽批准非法支付股息或非法购买或赎回股票的董事，可能会为此类行为承担责任。董事如在违法行为获得批准时或在当时提出异议时缺席，可通过将其对该等行为的异议记入载有该等行为发生时董事会会议记录的账簿或在该缺席董事收到有关违法行为的通知后立即记入账簿来避免责任。

在特拉华州一般公司法允许的情况下，我们已与每位董事和执行官订立并将继续订立单独的赔偿协议，要求我们就这些人因任何诉讼、诉讼或程序（包括派生诉讼）而实际和合理招致的任何和所有成本和费用（包括律师、证人或其他专业费用）（无论是实际的还是威胁的）向这些人作出赔偿，任何该等人可因该等人是或曾经是董事或高级人员，或正在或曾经担任或曾担任我们或我们的任何附属企业的高级人员、董事、雇员或代理人而成为该等人的一方。根据这些协议，我们不需要为某些事项提供赔偿，包括：

赔偿协议还规定了在根据协议提出赔偿要求时将适用的某些程序。

我们有一份保险单，涵盖我们的高级职员和董事的某些责任，包括根据《证券法》或其他方式产生的责任。

根据我们可能订立的某些承销协议，在某些情况下，承销商有义务就特定责任（包括《证券法》规定的责任）向我们的董事、高级管理人员和控制人作出赔偿。

以下列表列出自2022年1月1日至作为本登记声明一部分的招股章程日期，我们出售的所有未登记证券的信息：

2023年4月13日，我们与公司董事会主席David Barker（“2023年4月买方”）签订了购买协议（“2023年4月购买协议”），据此，我们同意向2023年4月的买方发行和出售一股公司A系列优先股，每股面值0.0001美元，购买价格为100.00美元。A系列优先份额的买卖交易已于2023年4月13日完成。2023年4月的买方是“合格投资者”，根据《证券法》第4（a）（2）条，A系列优先份额的要约和出售免于登记。

2023年10月11日，我们与High Trail Special Situations LLC（“2023年10月买方”）订立证券购买协议（“2023年10月购买协议”），据此，我们向2023年10月买方发行：（i）注册发行（“2023年10月注册发行”）（a）本金总额为4500万美元的2025年到期的优先有担保可转换票据（“注册票据”）最初可转换为261,894股我们的普通股（经反向股票分割调整）和（b）认股权证，以购买最多361,011股我们的普通股（经反向股票分割调整）（“注册认股权证”）；（ii）在同时进行的私募配售（“2023年10月私募配售”）中，本金总额为3500万美元、于2025年到期的优先有担保可转换票据最初可按171.60美元的价格（经反向股票分割调整）转换为203,696股我们的普通股（经反向股票分割调整）（“私募配售票据”，连同已登记票据，“票据”）。2023年10月注册发售及2023年10月私募已于2023年10月13日截止。

根据2023年10月的购买协议，我们还授予2023年10月的买方购买最多额外本金总额为2500万美元的私募票据的选择权，这些票据最初可转换为145,497股我们的普通股（经反向股票分割调整）（“随后购买的票据”）和认股权证（“私募认股权证”），并连同已登记的认股权证，“2023年10月认股权证”）根据与2023年10月票据和注册认股权证（任何此类后续私募，“后续私募”）相同的条款，在后续私募中购买最多112,816股我们的普通股（经反向股票分割调整）。

根据我们与配售代理日期为2023年10月11日的配售代理协议，高宏集团 and Company，LLC和Stifel，Nicolaus & Company，Incorporated作为联席牵头配售代理和BTIG，LLC作为配售代理（统称“配售代理”）出售2023年10月票据和2023年10月认股权证。我们向配售代理支付了相当于270万美元的现金费用，并同意支付相当于出售任何后续私募的总收益的6.0%的现金费用。

私募票据和私募票据基础的普通股股份是根据《证券法》颁布的条例D的第506条作为不需要根据《证券法》进行登记的交易发行的，并且是在没有一般招揽或广告的情况下进行的。根据2023年10月的购买协议，2023年10月的买方表示，它是经认可的投资者，其收购证券仅用于投资目的，而不是为了违反《证券法》对此类证券进行任何转售、分销或其他处置。

2024年5月24日，我们与若干认可投资者（“2024年5月投资者”）和JGB Collateral LLC（作为抵押品代理人）订立证券购买协议（“2024年5月购买协议”），据此，我们以私募配售（“2024年5月私募配售”）方式向2024年5月的投资者发行：（i）37,500股我们的普通股（经反向股票分割调整）（“2024年5月股”），以及（ii）本金总额为20,000，000美元的高级有担保可转换债券（“2024年5月债券”），总购买价格为18,000，000美元。

Canaccord Genuity LLC（“Canaccord”）根据我们与Canaccord于2024年5月24日签订的配售代理协议（“配售代理协议”），担任2024年5月私募的独家配售代理，该协议是在“合理的最大努力”基础上进行的。根据配售代理协议，我们向Canaccord支付了相当于2024年5月私募发行的2024年5月债券总面值的6.0%的现金费用。此外，我们同意向Canaccord偿还Canaccord与2024年5月私募相关的任何自付费用，金额不超过75,000美元。2024年5月的私募配售于2024年5月24日结束，公司在支付配售代理费和其他发行费用后获得约1660万美元的净收益。

2024年5月股票和2024年5月债券是根据《证券法》颁布的条例D第506条规则发行的，作为根据《证券法》无需登记的交易，并且是在没有一般招揽或广告的情况下进行的。根据2024年5月的购买协议，2024年5月的投资者各自表示，他们是经认可的投资者，他们收购证券只是出于投资目的，而不是为了违反《证券法》对此类证券进行任何转售、分销或其他处置。

于2024年12月31日，我们就未偿还的2024年5月债券订立和解协议及修订（“修订”）。根据该修订，将2024年5月债券的未偿本金金额转换为我们普通股的转换价格进行了调整。由于这一转换价格调整，2024年5月债券的15,000，000美元未偿还本金总额将可转换为925,925股普通股（经反向股票分割调整），其中759,259股（经反向股票分割调整）以前未根据《证券法》登记（“未登记的转换股份”）。作为修订的代价，我们向2024年5月的投资者发行了83,333股我们的普通股（经反向股票分割调整）（“新股份”，连同未登记的转换股份，“股份”），并避免在2025年7月31日之前根据2024年5月的债券向2024年5月的投资者发出赎回通知。

根据《证券法》第4（a）（2）条，这些股份是在一项不涉及公开发售的交易中发行的，作为一项不需要根据《证券法》进行登记的交易，并且是在没有一般招揽或广告的情况下进行的。根据该修正案，2024年5月的投资者各自表示，他们是经认可的投资者，他们收购股份仅用于投资目的，而不是为了违反《证券法》对此类股份进行任何转售、分配或其他处置。

于2024年7月4日，我们与若干机构投资者（“买方”）订立证券购买协议（“2024年7月购买协议”），据此，我们向买方发行：（i）在符合纳斯达克股票市场规则的按市场定价的注册直接发行中，（a）合共195,000股我们的普通股（经反向股票分割调整）和（b）预先融资的认股权证，以购买最多合共96,885股我们的普通股（经反向股票分割调整）；及（ii）在同时进行的私募中，A系列认股权证可购买最多合计291,885股我们的普通股（经反向股票分割调整）（“A系列认股权证”），B系列认股权证可购买最多合计291,885股我们的普通股（经反向股票分割调整）（“B系列认股权证”，连同A系列认股权证，“2024年7月认股权证”）。根据2024年7月购买协议出售的每一股普通股和每份预融资认股权证均附有一份A系列认股权证和一份B系列认股权证。每股普通股和随附的2024年7月购买认股权证的合并购买价格为每股34.260美元（经反向股票分割调整）。每份预融资认股权证和随附的2024年7月认股权证的合并购买价格为34.259美元（经反向股票分割调整）。

H.C. Wainwright & Co.，LLC（“Wainwright”）根据我们与Wainwright之间的一份聘书（“聘书”），在“合理的最大努力”基础上就交易担任公司的独家配售代理。根据聘书，公司向Wainwright支付了相当于在发售中收到的总收益的6.0%的总现金费用以及Wainwright就发售产生的某些费用。

在扣除配售代理费和公司应付的其他发行费用之前，我们收到了约10.0百万美元的总收益（不包括未来在2024年7月购买权证的现金行使时可能收到的高达20.0百万美元的总收益）。扣除配售代理费和我们应付的0.7百万美元的其他发行费用后，我们获得了930万美元的净收益。

2024年7月的购买权证是根据《证券法》第4（a）（2）条和/或根据该条颁布的条例D第506（b）条提供的《证券法》规定的登记要求豁免而发行的。

但前提是，如果上述（a）（1）（i）、（a）（1）（ii）和（a）（1）（iii）段中规定的信息包含在注册人根据1934年《证券交易法》第13条或第15（d）条向SEC提交或提交的报告中，这些信息通过引用并入本注册声明中，或包含在根据本注册声明的一部分的第424（b）条规则提交的招股说明书中，则上述（a）（1）（i）、（a）（1）（ii）和（a）（iii）段中规定的承诺不适用。

根据1933年《证券法》的要求，注册人已正式安排由以下签署人代表其签署本注册声明，并因此于2025年9月11日在加利福尼亚州圣地亚哥市正式授权。

我们，以下签名的Bionano Genomics公司的高级职员和董事，兹分别组成并任命R. Erik Holmlin博士和Mark Adamchak，以及他们每一个人（拥有单独行动的全权），签署对本注册声明（或根据1933年《证券法》第462（b）条规则提交时生效的同一发行的任何其他注册声明）的任何和所有修订（包括生效后的修订），并将其连同所有证物和与此相关的其他文件提交给证券交易委员会，授予上述事实上的律师和代理人，以及他们每个人，充分的权力和授权去做和执行在处所内和附近必须或必须做的每一个行为和事情，只要完全符合他可能或可能亲自做的所有意图和目的，特此批准和确认上述事实上的律师和代理人或他们中的任何人，或他们或他的替代人或替代人，可能凭借本协议合法地做或促使做的所有事情。

根据1933年《证券法》的要求，本登记声明已于2025年9月11日由以下人员以所示身份签署。