Bionano Genomics, Inc.（“公司”）正在向美国证券交易委员会提交其于2025年1月3日以表格S-3（档案编号：333-284124）提交的注册声明（“注册声明”）的第1号修订，其唯一目的是修订构成注册声明一部分的初步招股说明书中标题为“通过引用纳入某些信息”的部分。

2024年5月，我们根据日期为2024年5月24日的证券购买协议，与某些合格投资者（“出售证券持有人”）以私募方式发行和出售了2,250，000股（“前期股份”）我们的普通股，每股面值0.0001美元（“普通股”），以及本金总额为2,000万美元、于2026年5月24日到期的优先有担保可转换债券（“债券”），最初可转换为10,000，000股我们的普通股。2024年6月，我们登记由出售证券持有人转售最多12,250，000股我们的普通股，包括（i）最多2,250，000股前期股份和（ii）最多10,000，000股可在债券转换时发行的普通股（“初始转换股份”）。

2024年12月，我们与出售证券持有人订立和解协议和债券第一修正案（“修正案”），以修订债券的某些条款，包括某些还款条款和调整我们可以将债券项下的未偿现金本金转换为普通股股份的价格（“转换价格”）。由于此次转换价格调整，债券的剩余未偿还本金总额将可转换为额外的45,555，556股普通股（“转换股份”）。作为（其中包括）根据修订修订债券的偿还条款的代价，我们已向出售证券持有人以私募配售（“私募配售”）方式发行5,000，000股普通股（“私募配售股份”，连同转换股份，“股份”）。本招股章程涉及出售证券持有人转售最多50,555，556股普通股，包括（i）最多45,555，556股转换股份及（ii）5,000，000股私募配售股份。我们将不会从出售证券持有人对本招股说明书所述股份的转售中获得任何收益。

我们登记本招股章程所涵盖的股份并不意味着出售证券持有人将要约或出售任何股份。有关出售证券持有人如何出售或以其他方式处置股份的更多信息，请参见标题为“分配计划”的部分。有关出售证券持有人的更多信息，请参见标题为“出售证券持有人”的部分。

我们的普通股在纳斯达克资本市场上市，代码为“BNGO”。2024年12月31日，我们普通股的收盘价为每股0.29美元。

根据联邦证券法的定义，我们是一家“较小的报告公司”，因此，我们已选择遵守本招股说明书的某些减少的报告要求，并可能在未来的申报中选择这样做。

投资我们的证券涉及高度风险。您应该仔细查看页面“风险因素”标题下描述的风险和不确定性4本招股章程以及任何适用的招股章程补充文件和任何相关的自由书写招股章程所载的招股章程，以及以引用方式并入本招股章程的其他文件中类似标题下的招股章程。

证券交易委员会和任何州证券监督管理委员会均未批准或不批准这些证券或确定本招股说明书是否真实或完整。任何相反的陈述都是刑事犯罪。

这份招股说明书是我们向美国证券交易委员会（“SEC”）提交的S-3表格注册声明的一部分，采用了“货架”注册流程。在此货架登记程序下，出售证券持有人可不时出售本招募说明书所述由其提供的证券。我们将不会从本招股说明书所述的出售证券持有人所提供的证券的出售中获得任何收益。

我们没有授权任何人向您提供与本招股章程、任何适用的招股章程补充文件或我们授权就本次发行使用的任何自由书写的招股章程所载或以引用方式并入的信息不同或不一致的信息，而卖方证券持有人也没有授权任何人向您提供此类信息。我们和配售代理都不对他人可能提供给您的任何其他信息承担责任，也不能对其可靠性提供任何保证。我们不是，配售代理也不是，在不允许要约或出售的任何司法管辖区，或在提出该要约或招揽的人没有资格这样做的情况下，或向向向其提出要约或招揽是非法的任何人，提出出售这些证券的要约。您应假定本招股章程、本招股章程中以引用方式并入的文件以及我们授权就本次发行使用的任何自由书写的招股章程中出现的信息仅在该等相应文件的日期是准确的，无论该等相应文件的交付时间如何。自这些日期以来，我们的业务、财务状况、经营业绩和前景可能发生了变化。在作出投资决定之前，您应完整阅读本招股说明书、本招股说明书中以引用方式并入的文件，以及我们授权就本次发行使用的任何免费编写的招股说明书。您还应阅读并考虑我们在标题为“您可以在哪里找到额外信息”和“通过引用纳入某些信息”的章节中向您推荐的文件中的信息。

出售证券持有人仅在允许要约和出售的司法管辖区要约出售和寻求要约购买本招股说明书中描述的出售证券持有人所提供的证券。在某些司法管辖区分发本招股说明书和本次发行我们的证券可能会受到法律限制。拥有本招股章程的美国境外人士必须自行了解并遵守与我们的证券的本次发行和本招股章程在美国境外的分发有关的任何限制。本招股章程并不构成、亦不得用作与出售要约或购买要约的邀约有关的任何证券，由任何司法管辖区的任何人作出该等要约或邀约，而该人在该司法管辖区作出该等要约或邀约是非法的。

除非另有说明或文意另有所指，否则本招股章程中所有提及“Bionano”、“本公司”、“我们”、“我们”、“我们的”及类似提述均指Bionano Genomics，Inc.及其子公司，或视文意可能需要仅指Bionano Genomics，Inc.。“Bionano Laboratories”、“BioDiscovery”和“Purigen”分别指我们的全资子公司Lineagen，Inc.（以Bionano Laboratories开展业务）、BioDiscovery，LLC和Purigen Biosystems，Inc.。

我们的设计徽标“Bionano”以及我们其他注册的和英美法通用的商号、商标和服务标记均为Bionano Genomics, Inc.的财产。本招股说明书中出现的商标、商号和服务标记均为其各自所有者的财产。我们不打算使用或展示其他公司的商标、商号或服务标记来暗示与任何其他公司或产品的关系，或由我们背书或赞助。

投资我们的证券涉及高度风险。您应仔细考虑以下风险因素以及我们截至2023年12月31日止年度的10-K表格年度报告和截至2024年9月30日、2024年6月30日和2024年3月31日止三个月期间的10-Q表格季度报告中标题为“风险因素”一节所讨论的风险因素，这些风险因素可能会由我们随后提交的文件更新，这些文件通过引用方式整体并入本招股说明书，连同本招股说明书所载或通过引用方式并入本招股说明书的所有其他信息。这些文件中描述的风险和不确定性并不是我们面临的唯一风险和不确定性。其他风险和不确定性，包括我们目前认为不重要的风险和不确定性，可能会损害我们的业务。如果下文讨论或以引用方式纳入的任何风险实际发生，我们的业务、财务状况、经营业绩或现金流量可能会受到重大不利影响。这可能会导致我们的证券价值下降，您可能会损失全部或部分投资。

本招股说明书，包括以引用方式并入本文和其中的文件，包含《证券法》第27A条和《交易法》第21E条含义内的前瞻性陈述。这些陈述是基于我们管理层目前对未来事件、条件和结果的信念、期望和假设以及我们目前可获得的信息。包含这些前瞻性陈述的讨论可在标题为“业务”、“风险因素”和“管理层对财务状况和运营结果的讨论和分析”的章节中找到，这些章节通过引用并入我们最近提交给SEC的10-K表格年度报告和我们最近提交给SEC的10-Q表格季度报告，以及随后提交给SEC的文件中反映的任何修订。

本招股说明书中关于我们的预期、信念、计划、目标、假设或未来事件或业绩的任何陈述，或通过引用并入本文或其中，均不是历史事实，而是前瞻性陈述。根据《证券法》第27A条和《交易法》第21E条的含义，这些前瞻性陈述可能包括但不限于有关以下方面的陈述：

在某些情况下，您可以通过诸如“预期”、“相信”、“继续”、“可能”、“估计”、“预期”、“打算”、“可能”、“可能”、“计划”、“潜在”、“预测”、“项目”、“应该”、“将”、“将”或这些术语的否定或复数来识别前瞻性陈述，以及旨在识别关于未来的陈述的类似表述，尽管并非所有前瞻性陈述都包含这些词语。这些陈述涉及已知和未知的风险、不确定性和其他因素，这些因素可能导致我们的实际结果、活动水平、业绩或成就与这些前瞻性陈述所表达或暗示的信息存在重大差异。此外，“我们相信”的声明和类似声明反映了我们对相关主题的信念和看法。这些陈述是基于截至本招股说明书之日我们可获得的信息，虽然我们认为这些信息构成此类陈述的合理基础，但这些信息可能有限或不完整，我们的陈述不应被解读为表明我们已对所有可能获得的相关信息进行了详尽的调查或审查。这些声明本质上是不确定的，告诫投资者不要过度依赖这些声明。

您应参考本招股说明书中标题为“风险因素”的章节以及以引用方式并入本招股说明书的其他文件中类似标题下描述的风险和不确定性，以讨论可能导致我们的实际结果与我们的前瞻性陈述中明示或暗示的结果存在重大差异的重要因素。鉴于这些风险、不确定性和其他因素，其中许多是我们无法控制的，我们无法向您保证本招股说明书中的前瞻性陈述将被证明是准确的，您不应过分依赖这些前瞻性陈述。尽管我们认为前瞻性陈述中反映的预期是合理的，但我们不能保证前瞻性陈述中反映的未来结果、活动水平、业绩或事件和情况将会实现或发生。此外，如果我们的前瞻性陈述被证明是不准确的，那么不准确可能是重大的。鉴于这些前瞻性陈述中的重大不确定性，您不应将这些陈述视为我们或任何其他人的陈述或保证，即我们将在任何指定的时间范围内实现我们的目标和计划，或者根本不会。

除法律要求外，我们不承担公开更新这些前瞻性陈述，或修改任何前瞻性陈述以反映本招股说明书日期之后发生的事件或发展的义务，即使未来有新信息可用。

我们将不会从出售证券持有人出售本次发行的股份中获得任何收益。出售证券持有人将获得根据本协议出售股份的全部收益。

以下对我们股本的描述、我们的公司注册证书和章程的某些规定以及特拉华州法律的某些规定为摘要。以下描述并不完整，其全部内容受制于并受限于我们的公司注册证书和章程，它们作为本招股说明书所包含的注册声明的证据提交，以及特拉华州一般公司法的相关规定。

截至本招股说明书之日，我们的公司注册证书授权我们发行400,000，000股普通股，每股面值0.0001美元，以及10,000，000股优先股，每股面值0.0001美元。

我们的普通股有权就提交给股东投票的所有事项（包括选举董事）对记录在案的每一股拥有一票表决权，并且没有累积投票权。我们经修订和重述的公司注册证书，经修订，建立分类董事会，分为三个等级，三年任期交错。只有一个职类的董事将由我们的股东的每一次年度会议上投票的复数进行选举，其他职类的董事将在各自三年任期的剩余时间内继续任职。

除我们的公司注册证书中另有明确规定或适用法律要求外，普通股的所有股份享有相同的权利和特权，并享有同等地位、按比例分享，并且在所有事项的所有方面都是相同的，包括下文所述的事项。

股息.根据可能适用于任何当时尚未发行的优先股的优惠，普通股持有人有权获得股息（如果有的话），这可能是我们的董事会不时从合法可用的资金中宣布的。

清算权.在我们清算、解散或清盘的情况下，我们的普通股持有人有权按比例分享在我们的所有债务和其他负债得到偿付后合法可分配给股东的净资产，但须满足授予任何已发行优先股持有人的任何清算优先权。

我们普通股的持有人无权享有优先购买权，也不受转换、赎回或偿债基金条款的约束。我们普通股持有人的权利、优惠和特权受制于我们未来可能指定和发行的任何系列我们优先股的股份持有人的权利，并可能受到不利影响。

我们的董事会可能会授权发行具有投票权或转换权的优先股，这可能会对普通股持有人的投票权或其他权利产生不利影响。发行优先股，虽然在可能的收购和其他公司目的方面提供了灵活性，但除其他外，可能会产生延迟、推迟或阻止我们控制权的变化的效果，否则可能会使我们的普通股持有人受益，并可能对普通股的市场价格以及普通股持有人的投票权和其他权利产生不利影响。我们目前没有发行任何优先股的计划。

我们受特拉华州一般公司法第203条的约束。第203条一般禁止特拉华州上市公司在该人成为相关股东的交易之日起三年内与“相关股东”进行“业务合并”，除非：

DGCL第203节将企业合并定义为包括：

一般而言，第203条将利益股东定义为实益拥有公司15%或以上已发行有表决权股票的任何实体或个人，以及与该实体或个人有关联或控制或控制的任何实体或个人。

除其他事项外，我们经修订及重列的成立法团证明书、经修订及经修订及重列的附例：

上述规定使得另一方很难通过更换我们的董事会来获得对我们的控制权。由于我们的董事会有权保留和解除我们的高级管理人员，这些规定也可能使现有股东或另一方更难实现管理层的变动。此外，非指定优先股的授权使我们的董事会有可能发行具有投票权或其他权利或优先权的优先股，这可能会阻碍任何试图改变我们控制权的尝试的成功。

这些条款旨在降低我们对主动提出的收购提议的脆弱性，并阻止某些可能在代理权争夺中使用的策略。然而，这些规定可能会产生阻止他人对我们的股票提出要约收购的效果，并可能产生阻止恶意收购或推迟我们控制权或管理层变化的效果。因此，这些规定也可能会抑制实际或传闻中的收购企图可能导致的我们股票市场价格的波动。

我们普通股的转让代理和注册商是Equiniti Trust Company，LLC。

我们的普通股在纳斯达克资本市场上市，代码为“BNGO”。

以下是对购买、拥有和处置根据本次发行发行的我们的普通股股份或股份的重大美国或美国联邦所得税考虑的一般性讨论。这些股票在此被称为我们的“证券”。我们证券的所有潜在持有人应就购买、拥有和处置我们证券的美国联邦、州、地方和非美国税务后果咨询其税务顾问。

本次讨论并不是对与购买、拥有和处置我们的证券有关的所有潜在美国联邦所得税后果的完整分析。本次讨论基于经修订的1986年美国国内税收法典（我们称之为法典）的现行条款、据此颁布的现行美国财政部条例、美国国内税务局（我们称之为IRS）公布的行政声明和裁决以及司法裁决，所有这些均自本招股说明书之日起生效。这些当局可能会发生变化，并受到不同的解释，可能具有追溯效力。任何变化或不同的解释都可能改变本讨论中描述的对持有人的税务后果。无法保证法院或IRS不会对本文所述的一项或多项税务后果提出质疑，我们没有获得，也不打算获得关于购买、拥有或处置我们证券的持有人的美国联邦所得税后果的裁决。

我们在本次讨论中假设持有人将我们的证券作为《守则》第1221条含义内的“资本资产”（通常是为投资而持有的财产）持有。本讨论不涉及根据特定持有人的个人情况可能与特定持有人相关的美国联邦所得税的所有方面，也不涉及任何替代最低标准、医疗保险缴款、遗产税或赠与税后果，或美国州、地方或非美国税收或任何其他美国联邦税法的任何方面。本讨论也不涉及与受特殊税收规则约束的持有人相关的后果，例如拥有或已经拥有，或被视为拥有或已经拥有超过5%的我们的股本的持有人（以下具体规定的范围除外），为避免美国联邦所得税而积累收益的公司，免税组织、政府组织、银行、金融机构、投资基金、保险公司、经纪人、证券、商品或货币的交易商或交易员，受监管的投资公司或房地产投资信托基金，拥有美元以外的“功能货币”的人，符合税收条件的退休计划，《守则》第897（l）（2）条所定义的“合格外国养老金基金”和由合格外国养老金基金持有的所有权益的实体，持有人根据行使员工股票期权或其他方式作为补偿持有或接收我们的证券，持有人持有我们的证券作为对冲、清洗、跨式或其他风险降低策略、转换交易或其他综合投资的一部分，持有人根据《守则》的建设性出售条款被视为出售我们的证券，根据《守则》第451（b）条受特别税务会计规则约束的持有人，受控外国公司，被动的外国投资公司和某些前美国公民或长期居民。

此外，本讨论不涉及合伙企业（或出于美国联邦所得税目的被视为合伙企业或被忽视实体的实体或安排）或通过此类合伙企业持有我们证券的个人的税务处理。如果合伙企业，包括出于美国联邦所得税目的被视为合伙企业的任何实体或安排，持有我们的证券，则此类合伙企业中合伙人的美国联邦所得税待遇通常将取决于合伙人的地位和合伙企业的活动。此类合伙人和合伙企业应就购买、拥有和处置我们的证券的税务后果咨询其税务顾问。

一般而言，“美国持有人”是指我们证券的受益所有人（合伙企业或在美国联邦所得税目的下被视为合伙企业的实体或安排除外），即，就美国联邦所得税目的而言：

我们预计不会宣布或支付任何未来的分配。然而，如果我们确实对股票进行了分配，这种分配将构成根据美国联邦所得税原则确定的从我们当前或累计收益和利润中支付的股息，并将在收到时作为普通收入包含在您的收入中。然而，对于个人获得的股息，这类股息一般按较低的适用长期资本利得率征税，前提是满足一定的持有期和其他要求。如果一次分配超过我们当前和累计的收益和利润，则超出部分将被视为美国持有人投资的免税回报，最高可达该美国持有人在股票中的调整后税基。任何剩余的超额将被视为出售或交换此类股份的资本收益，但须遵守“—出售或其他应税处置股份”中所述的税务处理。

在出售、交换或其他应税处置股份时，美国持有人一般将确认资本收益或损失，该资本收益或损失等于在出售、交换或其他应税处置时收到的任何财产的现金金额与公平市场价值与该美国持有人在股份中调整后的计税基础之间的差额。如果美国持有人在出售、交换或其他应税处置时持有此类股份的期限超过一年，则该资本收益或损失将是长期资本收益或损失。包括个人在内的某些非公司美国持有者确认的长期资本收益一般将被降低美国联邦所得税的税率。资本损失的可扣除性受到一定的限制。

当美国持有人收到我们证券的付款（包括建设性股息）或从我们证券的出售或其他应税处置中获得收益时，该持有人可能会受到信息报告和备用预扣税的约束。某些美国持有者可免于备用预扣税，包括C公司和某些免税组织。如果美国持有人在其他方面未获豁免，且该持有人：

备用预扣税不是附加税。根据备用预扣税规则预扣的任何金额可被允许作为美国持有人的美国联邦所得税负债的退款或抵免，前提是及时向IRS提供所需信息。美国持有人应就其获得备用预扣税豁免的资格以及获得此类豁免的程序咨询其税务顾问。

就本讨论而言，“非美国持有人”是我们的证券的受益所有人，既不是美国持有人，也不是合伙企业或在美国联邦所得税方面被视为合伙企业的实体或安排。

我们预计不会宣布或支付任何未来的分配。然而，如果我们对股票进行分配，这种分配将构成根据美国联邦所得税原则确定的从我们当前或累计收益和利润中支付的股息。如果一笔分配超过我们当前和累计的收益和利润，则超出部分将被视为非美国持有人投资的免税回报，最高可达该非美国持有人在股票中的调整税基。任何剩余的超额部分将被视为出售或交换此类股份的资本收益，但须遵守下文“—出售、交换或其他应税处置我们的证券的收益”中所述的税务处理。

支付给非美国持有人的股息一般须按股息总额的30%税率或美国与该非美国持有人居住国之间的适用所得税条约为该条约的目的可能规定的较低税率预扣美国联邦所得税。

被视为与非美国持有人在美国境内进行的贸易或业务有效相关的股息，如果适用的所得税条约有此规定，归属于非美国持有人在美国境内的常设机构或固定基地的股息，如果非美国持有人满足适用的认证和披露要求，则通常可免征30%的预扣税。然而，这类美国有效关联收入，扣除特定的扣除和抵免，按适用于美国人的相同美国联邦所得税税率征税（如《守则》所定义）。作为公司的非美国持有人所获得的任何与美国有效关联的收入，在某些情况下还可能按30%的税率或美国与该非美国持有人居住国之间的适用所得税条约为该条约的目的可能规定的较低税率征收额外的“分支机构利得税”。

要申请减免预扣税，非美国持有人通常需要提供（a）正确执行的IRS表格W-8BEN或IRS表格W-8BEN-E（或后续表格），并满足适用的证明和其他要求，以主张美国与该非美国持有人的居住国之间适用的所得税条约的利益，或（b）正确执行的IRS表格W-8ECI，其中说明股息不受预扣，因为它们与该非美国持有人在美国境内进行的贸易或业务有效相关。敦促非美国持有者就其根据相关所得税条约享受福利的权利咨询其税务顾问。

根据所得税条约有资格获得美国预扣税税率降低的非美国持有人可以通过及时向美国国税局提出适当的退款索赔来获得任何预扣的超额金额的退款或抵免。

分配还将在“—备用扣缴和信息报告”和“—国外账户”中进行讨论。

根据“—备用预扣税和信息报告”和“—外国账户”中的讨论，一般来说，非美国持有人将不会因该非美国持有人出售、交换或以其他方式对我们的证券进行应税处置而实现的任何收益而被征收任何美国联邦所得税，除非：

我们必须每年向美国国税局和每个非美国持有者报告支付给这些非美国持有者的我们的证券股息总额以及就这些股息预扣的税款（如果有的话）。非美国持有人必须遵守特定的认证程序，以确定持有人不是美国人（定义见《守则》），以避免就我们证券的任何股息按适用的税率预扣。如果非美国持有人通过提供有效的IRS表格W-8BEN或IRS表格W-8BEN-E（或后续表格）或IRS表格W-8ECI来证明其非美国身份，或以其他方式建立豁免，则非美国持有人一般不会因支付我们证券的股息而受到美国备用预扣税的约束；前提是我们不知道或没有理由知道该非美国持有人是守则中定义的美国人。支付给非美国股东的股息须缴纳美国预扣税，如“——股份分配”中所述，一般将免于美国备用预扣税。

信息报告和备用预扣通常适用于非美国持有人通过或通过任何美国或外国经纪商的美国办事处对我们的证券进行处置的收益，除非持有人证明其作为非美国持有人的身份并满足某些其他要求，或以其他方式确立豁免。一般来说，信息报告和备用预扣将不适用于通过经纪商的非美国办事处在美国境外进行交易的向非美国持有人支付处置收益。然而，出于信息报告目的，通过拥有大量美国所有权或业务的经纪人的非美国办事处进行的处置通常将以类似于通过经纪人的美国办事处进行的处置的方式处理。非美国持有人应就信息报告和备用预扣税规则对其适用的问题咨询其税务顾问。

信息申报表的副本可根据特定条约或协议的规定提供给非美国持有人居住国或建立国的税务机关。

备用预扣税不是附加税。根据备用预扣税规则从支付给非美国持有人的款项中预扣的任何金额可能被允许作为非美国持有人的美国联邦所得税负债（如果有的话）的贷项，并可能使该持有人有权获得退款，前提是及时向IRS提供所需信息。

该守则一般对股息征收30%的美国联邦预扣税，并且，根据以下有关美国财政部发布的拟议法规的讨论，支付给“外国金融机构”（如守则中所定义）的我们的证券处置的总收益，除非该机构与美国政府达成协议，除其他外，对某些付款进行预扣，并收集并向美国税务机关提供有关某些“特定美国人”或“美国拥有的外国实体”（每一个都在《守则》中定义）持有的账户的大量信息，或以其他方式有资格获得这些规则的豁免。30%的美国联邦预扣税也适用于股息，根据下文有关美国财政部发布的拟议法规的讨论，将适用于毛

支付给“非金融外国实体”（定义见《守则》）的我国证券处置收益，除非该实体向扣缴义务人提供证明，证明其没有任何“主要美国所有者”（定义见《守则》），提供有关该实体的每个主要美国所有者的信息，或以其他方式有资格获得这些规则的豁免。在某些情况下，非美国持有者可能有资格获得此类税款的退款或抵免。美国与适用的外国之间的政府间协议可以修改本段所述的要求。

上述预扣规定目前适用于就我们的证券支付的股息。美国财政部发布了拟议的法规，如果以目前的形式最终确定，将取消适用于出售或以其他方式处置我们证券的总收益的30%的美国联邦预扣税。美国财政部在此类拟议法规的序言中表示，在最终法规出台之前，纳税人通常可能会依赖拟议法规。

每个潜在投资者应就购买、持有和处置我们证券的特定美国联邦、州和地方以及非美国税务后果，包括适用法律中任何拟议变更的后果，咨询其税务顾问。

2024年5月，我们根据一份日期为2024年5月24日的证券购买协议发行和出售了2,250，000股前期股份和本金总额为2,000万美元的债券，这些债券最初可转换为10,000，000股我们的普通股。2024年6月，我们登记由出售证券持有人转售最多12,250，000股我们的普通股，包括（i）最多2,250，000股前期股份和（ii）最多10,000，000股可在债券转换后发行的普通股。于2024年12月，我们与出售证券持有人订立修订，以修订债券的若干条款，包括若干偿还条款及调整转换价格。由于此次转换价格调整，债券的剩余未偿还本金总额将可转换为额外的45,555，556股转换股份。作为（其中包括）根据修订修订债券的偿还条款的代价，我们已向私募配售的出售证券持有人发行5,000，000股私募配售股份。本招股章程涉及由出售证券持有人转售最多50,555，556股普通股，包括（i）最多45,555，556股转换股份及（ii）最多5,000，000股私募配售股份。我们将不会从本招股说明书所述股份的出售证券持有人的转售中获得任何收益。就购买协议而言，我们同意向美国证券交易委员会登记转换股份和私募股份。出售证券持有人，其期限包括招股章程补充文件中列出的任何额外出售股东，及其受赠人、质权人、受让人、受让人、分销商或其他在本招股章程日期后作为非出售转让从出售证券持有人收到的利益出售证券的继承人，可根据本招股章程或任何适用的招股章程补充文件不时要约和出售股份。

下表列出截至本招股章程日期的若干资料，有关实益拥有的股份本金及表格所列出售证券持有人根据本招股章程可能不时发售的股份。第二栏列出了截至2025年1月2日每个出售证券持有人根据其对普通股和债券份额的所有权实益拥有的普通股股份数量，假设出售证券持有人在该日期持有的债券发生转换，而不考虑转换的任何限制。

第三栏列出出售证券持有人通过本招股说明书发售的普通股股份。

我们根据表格中列出的出售证券持有人提供给我们的信息编制了这份表格，我们没有试图核实这些信息。这张表只反映了Selling securityholders向我们提供的信息。有关出售证券持有人的信息可能会不时发生变化，任何变化的信息将在必要时在本招股说明书的补充文件中载列。

本招股说明书一般涵盖（i）在转换债券时可发行的转换股份的最大数量之和的转售（但仅限于此类转换股份将因修订而可发行且此前未经我们登记的范围内），确定为未偿还的债券在紧接本登记声明最初向SEC提交之日的前一个交易日已全部转换，每份截至紧接适用的确定日期前的交易日，且所有须按登记权协议的规定进行调整，而不考虑对债券转换的任何限制，以及（ii）在上述私募中向出售证券持有人发行的私募配售股份的数量。第四栏假设出售证券持有人根据本招股章程发售的全部股份。

根据债券条款，出售证券持有人不得将债券转换至此类转换将导致该出售证券持有人及其关联公司和归属方在此类转换后实益拥有超过我们当时已发行普通股的4.99%的若干普通股股份的程度，但就此类确定而言，不包括在此类债券转换时可发行但尚未转换的普通股股份。第二栏和第四栏的股票数量没有反映这一限制。出售证券持有人可以出售其在本次发行中的全部、部分或不出售其股份。见“分配计划”。

我们正在登记出售证券持有人或其许可受让人不时转售最多50,555，556股我们的普通股，包括（i）最多45,555，556股转换股份和（ii）5,000，000股私募配售股份。我们将不会收到出售证券持有人出售股份的任何收益。出售证券持有人的所得款项总额将为购买证券的价格减去出售证券持有人承担的任何折扣和佣金。我们须支付所有与根据本招股章程将发售及出售的证券的注册有关的费用及开支。出售证券持有人将承担其出售证券应占的所有佣金及折扣（如有）。

本招股章程涵盖的出售证券持有人实益拥有的普通股股份可由出售证券持有人不时发售和出售。“出售证券持有人”一词包括招股章程补充文件中所列的任何额外出售股东，以及其受赠人、质权人、受让人、受让人、分销商或其他在本招股章程日期后作为非出售转让从出售证券持有人收到的出售证券的权益的继承人，可以根据本招股章程或任何适用的招股章程补充文件不时要约和出售股份。出售证券持有人将独立于我们就每次出售的时间、方式和规模作出决定。此类销售可以在一个或多个交易所或在场外交易市场或其他方式，以当时通行的价格和条款进行，或以与当时市场价格相关的价格进行，或以协商交易方式进行。每一卖出证券持有人可通过以下一种或多种方式或多种方式组合卖出其证券：

此外，根据规则144或根据《证券法》或其他此类豁免登记的其他豁免有资格出售的任何证券可根据规则144或此类其他豁免而不是根据本招股说明书出售。

在需要的范围内，本招募说明书可能会不时修订或补充，以描述具体的分配计划。就证券的分销或其他方面而言，出售证券持有人可与经纪自营商或其他金融机构进行对冲交易。就这类交易而言，经纪自营商或其他金融机构可能在与卖出证券持有人对冲其承担的头寸的过程中从事卖空该证券。卖出证券持有人也可以卖空该证券并重新交付该证券以平仓此类空头头寸。出售证券持有人还可以与要求向该经纪自营商或其他金融机构交付本招股说明书提供的证券的经纪自营商或其他金融机构进行期权或其他交易，该经纪自营商或其他金融机构可根据本招股说明书（经补充或修订以反映该交易）转售该证券。出售证券持有人还可以将证券质押给经纪自营商或其他金融机构，并且在发生违约时，该经纪自营商或其他金融机构可以根据本招股说明书（经补充或修订以反映该交易）对质押证券进行出售。

在实现销售时，销售证券持有人聘请的经纪自营商或代理人可以安排其他经纪自营商参与。经纪自营商或代理商可能会从出售证券持有人获得佣金、折扣或优惠，其金额将在紧接出售前协商确定。

为遵守某些州的证券法，如适用，证券必须仅通过注册或持牌经纪人或交易商在这些司法管辖区出售。此外，在某些州，证券不得出售，除非它们已在适用的州注册或有资格出售，或者可获得并遵守注册或资格要求的豁免。

我们还同意就与特此提供的购买认股权证股份的发售有关的某些责任对出售证券持有人和某些其他人进行赔偿，包括根据《证券法》产生的责任，或者，如果无法获得此类赔偿，则就此类责任提供所需支付的金额。就可能允许我们的董事、高级职员和控制人就《证券法》下产生的责任进行赔偿而言，我们已被告知，SEC认为，这种赔偿违反了《证券法》中所述的公共政策，因此是不可执行的。

我们已告知卖出证券持有人，《交易法》M条例的反操纵规则可能适用于市场上的证券销售以及卖出证券持有人及其任何关联公司的活动。此外，我们将向出售证券持有人提供本招股说明书的副本，以满足《证券法》的招股说明书交付要求。出售证券持有人可就某些责任（包括根据《证券法》产生的责任）对参与涉及出售证券的交易的任何经纪自营商进行赔偿。

在提出特定证券要约时，如有需要，将派发招股章程补充文件，其中将载列所提证券数目及发售条款，包括任何承销商、交易商或代理商的名称、任何承销商支付的购买价格、任何折扣、佣金和其他构成补偿的项目、任何允许或重新允许或支付给任何交易商的任何折扣、佣金或特许权，以及向公众提出的销售价格。

股份的有效性已由加利福尼亚州圣地亚哥的Cooley LLP传递。

Bionano Genomics，Inc.截至2023年和2022年12月31日以及截至该日止各年度的合并财务报表已依据独立注册会计师事务所BDO USA，P.C.作为审计和会计专家的授权所授予的报告以引用方式并入本招股说明书以及本招股说明书构成其组成部分的注册说明书。关于合并财务报表的报告载有关于公司持续经营能力的解释性段落。

本招股说明书是我们根据《证券法》向SEC提交的表格S-3上的注册声明的一部分，并不包含注册声明中列出或通过引用并入的所有信息以及注册声明的证据。有关我们和我们根据本招股说明书提供的证券的进一步信息，请您参阅注册声明以及作为注册声明一部分提交的证物和附表。我们向SEC提交年度、季度和当前报告、代理声明和其他信息。SEC维护一个网站，其中包含报告、代理和信息声明以及有关以电子方式向SEC提交的发行人的其他信息，包括Bionano。SEC网站的地址是www.sec.gov。

我们有一个网站www.bionanogenomics.com。载于本公司网站或可通过本公司网站查阅的信息不构成本招股说明书的一部分。

SEC允许我们在本招股说明书中“以引用方式并入”信息，这意味着我们可以通过向您推荐向SEC单独提交的另一份文件来向您披露重要信息。本招股说明书中以引用方式并入的文件的SEC文件编号为001-38613。以引用方式并入本招股说明书的文件包含有关我们的重要信息，您应阅读这些信息。

以下文件以引用方式并入本文件：

尽管有前几段的陈述，我们根据《交易法》向SEC“提供”的任何文件、报告或展品（或上述任何部分）或任何其他信息均不得通过引用并入本招股说明书。我们根据《交易法》、在本登记声明首次提交之日之后和此类登记声明生效之前提交的所有文件（不包括根据表格8-K的项目2.02和7.01提供的信息）也应被视为通过引用并入招股说明书。

我们还通过引用将我们根据《交易法》第13（a）、13（c）、14或15（d）条在本招股说明书日期之后但在本招股说明书所涵盖的普通股的本次发行终止之前向SEC提交的所有文件（根据表格8-K的第2.02项或第7.01项提供的当前报告以及在该表格上提交的与此类项目相关的展品除外）纳入本招股说明书。这些文件包括定期报告，例如10-K表格的年度报告、10-Q表格的季度报告和8-K表格的当前报告，以及代理声明。

我们将根据书面或口头要求，免费向每名获交付招股章程的人士（包括任何实益拥有人）提供以引用方式并入本招股章程但未随本招股章程一并交付的任何或所有文件的副本，包括以引用方式具体并入该等文件的展品。您如有任何文件请求，请联系Bionano Genomics, Inc. 9540 Towne Centre Drive，Suite 100，San Diego，California 92121；电话：（858）888-7600。

此处或通过引用并入或被视为通过引用并入本文件的文件中包含的任何声明将被视为为本文件的目的而修改或取代，只要本文件或任何其他随后提交的文件中包含的声明被视为通过引用并入本文件的修改或取代该声明。

下表列出了我们就发行正在注册的证券应付的估计成本和费用。显示的所有金额都是估算值，SEC注册费除外。

我们是根据特拉华州的法律注册成立的。特拉华州《一般公司法》第145条规定，特拉华州公司可以赔偿任何曾经、现在或被威胁成为任何受到威胁、待决或已完成的诉讼、诉讼或程序的当事人的人，不论是民事、刑事、行政或调查（该公司的诉讼或有权采取的诉讼除外），原因是该人是或曾经是该公司的高级职员、董事、雇员或代理人，或现在或正在应该公司的要求担任高级职员、董事，另一公司或企业的雇员或代理人。赔偿可包括费用（包括律师费）、判决、罚款及该人就该诉讼、诉讼或法律程序实际及合理招致的和解款项，但该人的行为是善意的，其方式是他或她合理地认为符合或不违背公司的最佳利益，且就任何刑事诉讼或法律程序而言，没有合理理由相信他或她的行为是非法的。特拉华州法团可就任何曾经、现在或被威胁成为该法团的任何受威胁、待决或已完成的诉讼或诉讼的一方或因该人是或曾经是该法团的董事、高级人员、雇员或代理人，或现在或正在应该法团的要求担任另一法团或企业的董事、高级人员、雇员或代理人的事实，向该人作出赔偿。赔偿可包括该人就该等诉讼或诉讼的抗辩或和解而实际及合理招致的开支（包括律师费），条件是该人以善意行事，并以他或她合理地认为符合或不违背法团最佳利益的方式行事，但如该高级人员或董事被判定对法团负有法律责任，则未经司法批准不得作出赔偿。凡高级人员或董事在上述任何诉讼的案情或其他方面的抗辩中胜诉，法团必须就其实际合理招致的开支（包括律师费）向其作出赔偿。

我们经修订和重述的公司注册证书、经修订以及经修订和重述的章程规定在特拉华州一般公司法允许的最大范围内对我们的董事和高级职员进行赔偿。美国特拉华州《一般公司法》第102（b）（7）条允许公司在其公司注册证书中规定，公司的董事或高级管理人员不得因违反作为董事或高级管理人员的受托责任而对公司或其股东的金钱损失承担个人责任，但以下任何责任除外：

我们经修订和重述的公司注册证书，经修订，包括关于我们的董事的这样一条规定。任何高级职员或董事在其最终处置之前为任何该等诉讼、诉讼或程序辩护而招致的费用，将由我们在向我们交付由该董事或高级职员或其代表作出的偿还所有如此垫付的款项的承诺时支付，前提是最终应确定该董事或高级职员无权获得我们的赔偿。

美国特拉华州《一般公司法》第174条规定，除其他外，故意或疏忽批准非法支付股息或非法购买或赎回股票的董事，可能会为此类行为承担责任。董事如在非法行动获批准时或当时持异议时缺席，可藉促使将其对该等行动的异议记入载有该等行动发生时的董事会会议记录的簿册内，或在该缺席的董事收到有关非法行动的通知后立即记入簿册，以逃避法律责任。

根据特拉华州一般公司法的许可，我们已与每位董事和执行官订立并将继续订立单独的赔偿协议，要求我们赔偿这些人因任何诉讼、诉讼或程序（包括派生诉讼）而实际和合理招致的任何和所有成本和费用（包括律师、证人或其他专业费用），无论是实际的还是威胁的，任何该等人可因该等人是或曾经是董事或高级人员，或正在或曾经是或曾担任我们或我们的任何附属企业的高级人员、董事、雇员或代理人而成为该等人的一方。根据这些协议，我们不需要为某些事项提供赔偿，包括：

赔偿协议还规定了在根据协议提出赔偿要求时将适用的某些程序。

我们有一份保险单，涵盖我们的高级职员和董事的某些责任，包括根据《证券法》或其他方式产生的责任。

根据我们可能订立的某些承销协议，在某些情况下，承销商有义务就特定责任（包括《证券法》规定的责任）向我们的董事、高级管理人员和控制人作出赔偿。

根据经修订的1933年《证券法》的要求，注册人证明其有合理理由相信其符合在表格S-3上提交的所有要求，并已正式安排由以下签署人代表其于2025年1月8日在加利福尼亚州圣地亚哥市签署本注册声明，并因此获得正式授权。

根据经修订的1933年《证券法》的要求，本登记声明已由以下人员在所示日期以身份签署。