1量子SI投资者&分析师日2025年11月19日
2投资者日议程10：00 – 10：10 AMTackling the complexity of the proteome Jeff Hawkins，CEO 10：10 – 10：40 AM Proteus程序更新和长期技术路线图Todd Rearick，CTO 10：40 – 11：05 AM检测所有20种氨基酸的路径John Vieceli，CPO 11：05 – 11：25 AM翻译后修饰分析解决方案Brian Reed，研究主管11：25 – 11：45 AMThe Road to Proteus LaunchJeff Hawkins，CEO 11：45 AM – NoonQ & A SessionManagement
3蛋白是跨多个终端市场生物发现的核心学术研究Pharma + Biotech Industrial Defense Clinical Diagnostics转化研究农业
4蛋白质组复杂性基因转录酶替代启动子替代剪接mRNA编辑翻译后修饰~20 – 25,000个基因~100,000个转录酶蛋白> 1,000，000个蛋白质体
5蛋白质形态的研究延伸到许多疾病领域和数千种独特蛋白质人类蛋白质形态项目：https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.abk0734蛋白质组的完全覆盖将需要数十万或更多独特的、位点特异性亲和试剂只有单分子蛋白质测序才能解决这种复杂性基于亲和力的方法无法扩展到这种复杂性
6种蛋白型并不局限于单一的PTM类型，它们的多样性要大得多，即使在单一的蛋白质中也是如此来源：J. Proteome Res.2025,24，6,2916 – 2925 Brains Tau免疫沉淀0N3R 1N3R，0N4R 1N4R Intact Tau isoforms/proteoforms
7种蛋白型还包括单氨基酸变异，这对于了解由Ramadas N和Sparkenbaugh EM（2023）改编的疾病GluGluPro GluValPro健康镰状细胞疾病变异蛋白序列可能至关重要。镰状细胞病中的APC-EPCR-PAR1轴。前面。Med. 10：1141020。
高资本成本的8个专业平台限制了蛋白质组学核心实验室之外的采用率许多专业平台在蛋白质覆盖的广度和洞察的深度之间进行选择时需要充分考虑蛋白质组的技术权衡使用高端仪器的高资本成本每个人工实验室的成本为100万美元或更多，而数据分析工作流程限制了能够进行蛋白质组学的实验室的数量
9超越核心实验室：Proteus将实现深度蛋白质分析并加速蛋白质组学领域自动化简化了实验室工作流程，提高了通量，并最大限度地减少了对负担得起的专业人员的需求，允许任何实验室——任何地方——成为蛋白质组学核心实验室单分子蛋白质测序将是蛋白质组学中最通用的技术——单一AA变体、广泛的PTM覆盖范围和与蛋白质无关
今天演讲的10个主题Proteus性能数据和长期技术路线图检测所有20种氨基酸的路径一套多样化的工具，可实现可推广的PTM分析Proteus发射之路和2026年里程碑
11 Proteus程序更新
12 Proteus下一代架构Platinum®Pro + 2M芯片•集成半导体耗材•带有手动工作流程的台式仪器Proteus + KinetiQ阵列•简单、无源耗材•带成像系统的台式仪器•工作流程自动化
13 KinetiQ阵列简单、被动耗材•低成本熔融二氧化硅模具•每个设备80m孔•架构可扩展到数十亿孔简单包装•廉价塑料组装•四个流动池，每个流池都有20m孔•支持自动化的功能
14 Proteus仪器光模块•高性能定制光学设计•高分辨率和大视场•支持简单的被动消耗性液体处理•全工作流程自动化•更先进的工作流程，更深入的洞察力
15 Proteus计划状态关键技术风险退役或大幅减少关键系统组件通过几个原型成熟集成系统设计完成——现在构建首个系统
16测序工作流自动化比目前的手动工作流集成系统液体处理更具可复制性•与集成产品设计相同的架构•整个测序工作流全自动原型液体处理子系统数据自动化vs手动工作流对齐
17 KinetiQ阵列制造和后处理工艺建立晶圆制造工艺建立井结构优化高效封装工艺晶圆级后处理产品意向模具尺寸+几何
18来自原型成像系统和新型染料的数据充分验证了从寿命到色比的过渡•与产品设计相同的架构•商业现成组件•产品意图图像传感器•缩小视野•新型色彩空间染料组件•演示了多达8种染料•在T E N S IT Y颜色比4Cy3B C6C 4ATR6G 4GGN C2CFRET 3BGN 4C53ONS全功能成像系统验证的颜色通道检测
19次成功动态测序运行Q3完成大幅去风险新系统元件耗材、染料、光学系统、软件L 87.4% 0.89e65.2 % 0.5q72.3 % 1.5 a96.3 % 1.07q67.1 % 8.15q30.2 % 6.24i69.2 % 0.24r71.4 % 0.53l70.2 % 0.71q50.2 % 0.86a57.8 % 0.71e19.7 % 0.33a25.5 % 0.28f20.6 % 1.52q10.8 % 1.07a4.3 % 0.49r2.5 % 0.24l5.2 % 0.284.3% e0.13 sl17 _ v _ APOE4（244 – 263）— LEE：325对齐
与Platinum相比，20 Proteus每口井的测序产量更高Proteus通常会在相同数量的井中产生更多的比对，与每口井的Platinum比对（标准化为Platinum）长读数分数（标准化为Platinum）相比，Proteus会产生更多的长比对
21个Proteus一致序列深入多肽的独特能力，用于长距离结构信息访问PTM和变异深入读取序列深度，预计随着覆盖范围的增加和进一步优化，测序深度将继续提高SL19 _ V _ IL6（87 – 120）— IT：439个对齐30.1% I 89.7% E 2.3% G 5.5% L 88.2% L 94.5% E 76.8% F 92.5% E 90.7% V 1.6% Y 85.2% L 90.9% E 75.4% Y 71.1% L 63.3% Q 72.2% NI 94.3% T R 42.4% F 59.0% S 0.7% S 1.6% E 1.4% E 3.2% Q 3.2% A 1.4% R 0.2% A 0.5% V 0.2% Q 0.2% M 0.0% S 0.0%
22与铂金相比，Proteus具有更好的SNR和短脉冲检测更好的SNR •更高质量的比对•更好的精确度•对PTM和变体更敏感的短脉冲检测•使用相同的粘合剂增加基序覆盖率•软件未针对改进的数据进行优化Proteus L 98.8% Q95.6 % A 98.3% M 16.6% Q77.9% N 63.5% Q66.1 % W 48.4% L 60.8% Q65.0 % D 41.6% Platinum L 98.9% Q99.3 % A 99.9% M 7.8% Q98.4 % N 35.4% Q29.5 % W 0.7% L 36.7% Q37.1 % D 27.8% Platinum ProteusAverage SNR per well SNR
23 Proteus测序性能有望在发射时远超铂金Proteus数据已经优于铂金数据数据迄今为止生成的数据没有优化当前算法|当前V4粘合剂套装|当前切割器和化学预计在发射前会有额外改进
24集成系统开发中首个集成系统预计1Q26 •影像和工作流自动化全面集成•类产品耗材•支持20m井的全视野
25 Proteus计划摘要向新架构的过渡得到证明——团队正在执行YE2026的产品发布，Proteus架构显示在测序输出的数量和质量方面比Platinum有显着改善平台发布与生物化学和文库准备方面的改进相一致，这将推动额外的业绩增长
26长期技术路线图
27 Proteus Architecture支持我们的长期平台路线图要求Proteus 2.0（最高10B）Proteus（80M +）Proteus Plus（最高320M）消耗性架构可扩展到数十亿口井10 ×仅从化验改进中扩展未来仪器可高达10B读取
28超泊松装载使每次运行的测序输出增加约3 ×超泊松装载•肽的装载方式可防止多次装载•大多数井中只能装载一种肽泊松装载•肽随机装入井•单分子最大装载量~36% • 64%的井是空的或多次装载
29更快的测序路线图+现场升级可推动输出高达320m并增加每次运行样本量Proteus（80m）测序时间减少允许更多芯片在与原始80m升级到抽屉/舞台和消耗品相同的时间范围内运行以增加芯片/运行Proteus Plus（高达320m）160m 320m 5hr 2.5hr
30通往数十亿读数的路径需要受控切割电流测序化学切割发生随机残留持续时间不均匀时间/残留平均较慢受控切割将定义氨基酸边界+启用扫描系统
31我们已经成功演示了我们测序化学的受控切割版本，使扫描系统的氨基酸边界已知残留量持续时间受到控制，平均而言均匀的时间/残留量要快得多，受控切割化学定义的切点
32 Proteus 2.0可结合高速扫描和微流控递送系统扫描系统可在一个流动池内实现数十亿次读取多个成像位置通过受控裂解化学将受控裂解与高速扫描相结合，实现设备区域的高效使用，将架构扩展到每个流动池的数十亿次读取多个成像区域
33检测全部20种氨基酸的路径John Vieceli，首席产品官2025年11月19日
34在Proteus Vision上开发一套二十种规范氨基酸的N端氨基酸识别器
识别器路线图
36测序技术概述识别器在序列中结合氨基酸识别事件产生动力学特征R L I F 6005004003002001000 0.24s 3.23s 0.23s 0.97s TIME（min）动力学特征图激发‘R’测序‘L’测序‘I’测序‘F’测序
37个氨基酸识别器在测序试剂盒V4中使用6个识别器DEGASFYW LIV R NQ识别20种氨基酸中的14种
38项软件改进使更多氨基酸Q4软件发布与库Prep试剂盒V3将增加到15个氨基酸DEGASFYW LIV R NQM肽来自程序化死亡配体1肽来自肝细胞生长因子DL Q A A V Y R C M I Q F NC M SLW F P S
使用8个识别器检测20种氨基酸的39条路径18种氨基酸的检测与C和T的活动正在进行中DEGAFYW LIV P TSRHK NQMC LN V A V F A LA AF S NI LF
4045004003503002502001500.10.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 in T E N S IT Y颜色比识别器路线图支持Proteus强度和颜色比空间支持8 +染料4Cy3B C6C 4ATR6G 4GGN C2CFRET 3BGN 4C53ONS八种染料已在Proteus原型系统上进行了演示必要时提供额外的染料空间
识别器开发管道
测序试剂盒V4中的42个识别器进化树6识别器来源于4个起始蛋白FYW LIV GASAS R NQ D DEFYW2 FYW1 FYW1FYW1 A. Tumefaciens | CLPS2 LIV1 T. Elongatus | CLPS1 R1 K. marxinus | UBR1 AS1 H. sapiens | CIAP1 – BIR3 NQ1 H. sapiens | NTAQ1 +突变D1 LIV2 LIV3 LIV4 LIV5 LIV4 LIV4 LIV4 LIV6 R2 R3 R2 R2 R4 AS1 AS1 GAS1 NQ2 DE1 P1 V2 V3 V4蛋白串联QSI识别器受27项授权专利和申请保护
43 Quantum-Si N端氨基酸识别器数据动力学数据结构数据绑定数据~300~100~40~800~3,500~107用于结合N端氨基酸AI模型细化预测的N端氨基酸结合剂的标记氨基酸序列数据
44用于支架生成和模型训练的N端结合剂的蛋白质数据库挖掘高质量事件7,58871.214kExposed单受体15.479k238.674k有序完整原子表示287.848k N端结合相互作用
学术界和产业界启用的45个AI模型精制Ligand消息传递神经网络进化尺度建模GPU硬件加速
464 × Recognizer开发流水线放大利用AI、理性、组合设计方法生成筛选流水线候选者第1周第2周第3周第4周第5周第6周光谱分析仪表达染料标签批量动力学96/第16周/周验证生产组合AI设计理性设计学习为设计提供素材
采用组合和AI策略的47个X射线晶体学产生了具有GAKL肽的NQ识别器的GAS识别器晶体结构口袋中的几个修改导致G、A和S结合，同时不允许来自组合筛选+ AI的N和Q信息
来自AI和组合方法的48个脯氨酸识别器亲本蛋白18个突变P I单突变体敲除P/I B IN D in G R A T IO氨基酸位置
49《通往二十大氨基酸的路径总结》识别器开发计划正在缩放4 ×，以实现2026年检测到所有规范氨基酸并于2027年在Proteus上发布人工智能方面的努力利用Quantum-Si筛选数据来细化深度学习和语言模型，并结合合理化和组合式设计，加快识别器开发步伐目前的识别器管线有候选者，从带有测序试剂盒V4的14种氨基酸到2026年Proteus上市的18种氨基酸
50 PTM分析解决方案Brian Reed，PhD研究主管
Proteus上的51 Agenda PTM解决方案PTMS1在通往Proteus的道路上的PTM应用的单分子检测优势launch3在Proteus2上广泛获得PTM
52 Su P G Me甲基化（Lys/Arg）磷酸化（Ser/Thr/Tyr）棕榈酰化（Cys）糖化（Lys）泛素化（Lys）瓜氨酸化（Arg）AC Pal Ub糖基化（Ser/Thr/Asn）乙酰化（Lys）翻译CIT翻译后修饰（PTM）是蛋白质表达后生成的氨基酸的化学变化。有数百种不同类型的PTM。由于蛋白质组学的高度丰度和在疾病通路中的作用，少数几个对蛋白质组学非常感兴趣。例如：磷酸化、糖基化、泛素化。PTM决定了实际的蛋白质功能——这使得它们对于理解疾病机制和治疗目标至关重要——但目前的蛋白质组学技术很难研究。PTM和Proteoforms是人类健康的下一个前沿领域
53利用现有技术检测PTM的挑战质谱•量化困难•修饰位点分配的模糊性•多位点组合极具挑战性•工作流程和分析复杂性（限制临床采用）基于亲和力的平台•检测蛋白质但不提供蛋白型信息或•需要针对每种蛋白质的昂贵的位点特异性亲和试剂
54 PTM单分子检测的优势•由于直接计数分子而直接定量•直接PTM位点识别•获得多位点PTM组合•实现广泛的PTM蛋白质组覆盖的简单工作流程；临床兼容性•所有蛋白质的通用PTM检测试剂和测定
55单分子检测实现广泛的PTM覆盖NGPS通过三种互补方法解锁对PTM的广泛和普遍访问|可结合使用，以解决PTM检测动力学中最具挑战性的需求PTM通过上游AA处的动力学变化检测到，在测序期间使用N端PTM结合剂检测到的直接NAA检测PTM在测序期间使用N端PTM结合剂检测到完整的AA覆盖和深肽测序将使所有三种方法在变形体上实现非常高的蛋白质组-全PTM覆盖
56 PTM的动力学检测•对PTM的动力学响应是NAA识别器的普遍特征——当肽的化学组成发生变化时，动力学就会发生变化。不需要额外的试剂或加工步骤•示例：磷酸化-、甲基-、乙酰化-、氧化、瓜氨酸化•客户正在使用解剖复杂的PTM安排，这些安排不明确或无法通过MS获得
57 PTM的预识别• PTM在任何位置的检测，不考虑多肽长度•多个PTM的并行检测•例如，泛磷化试剂盒：一次检测PS/PT/pY的全面检测•由于PTM识别产生的清晰脉冲模式，对PTM化学计量具有极高的灵敏度
58直接N端检测PTM直接NAA检测• N端PTM识别器包含在测序分析中•可以是标准NAA识别器或自定义•实现无参考/从头PTM发现•适用于非常复杂的序列上下文和多站点PTM/变异排列
59动力学：下游pY对NAA识别器未修饰肽• R脉冲持续时间的影响从1.3降低到0.5秒。• L脉冲持续时间从2.5秒增加到3.5秒。• Y不再被识别用于检测原肌球蛋白形体pY修饰的肽R L pY F I R L Y F I https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.jproteome.4c00978 PY如何影响该肽中的识别器动力学10.05.0 2.0 1.0 0.5 0.2 0.1 PD（s）
60动力学：瓜氨酸对NAA识别器RFLR RFLCit FLCit FLR LCit LR R Cit精氨酸（R）瓜氨酸（CIT）未修饰的肽CIT修饰的肽的影响瓜氨酸如何影响该肽中的识别器动力学• F脉冲持续时间从3.49秒减少到2.65秒• L脉冲持续时间从0.48秒增加到1.0秒• R不再被识别精氨酸瓜氨酸化很难通过质谱检测，因为质量（0.984Da）的增加可以忽略不计105210.5 0.2 PD（s）
61动力学：多个动力学参数告知PTM检测精氨酸（R）瓜氨酸（CIT）瓜氨酸和其他PTM影响多个动力学参数•脉冲持续时间：识别器-NAA结合态的寿命•脉冲间持续时间：识别器绑定事件之间的时间•识别段（RS）持续时间：NAA切割事件之间的时间脉冲持续时间：0.481 ↑脉冲间持续时间：8.3 ↓ RS持续时间（min）：2213.4 ↓
62预识别：任意多肽位置的pY检测抗磷酸酪氨酸抗体检测任意多肽位置的磷酸酪氨酸—— N端、内部和C端接头相邻——独立于序列上下文pY识别测序Y N端pY内部pY与C端接头相邻的内部pY pY
63预识别：Carna Biosciences激酶面板PY识别测序分析50% 12% 13% 16% 11%对齐PY识别.....。Y PYK2B PTM位置ID和相对丰度定量磷酸化是用于药物发现应用的蛋白激酶活性的关键决定因素|预识别在蛋白-酪氨酸激酶2-β（PYK2B）和其他重要激酶中鉴定磷酸酪氨酸
64直接NAA检测：蛋氨酸氧化蛋氨酸亚砜蛋氨酸脉冲持续时间区分修饰形式和未修饰形式的蛋氨酸NQM识别器直接检测IKBA NF-Kappa-B抑制剂α（IKBA）未修饰蛋氨酸中Met91位的N端蛋氨酸亚砜：PD = 0.34秒蛋氨酸亚砜：PD = 2.63秒
65我们有一条在Proteus Recognizer上实现广泛的PTM覆盖的清晰路径所有20种氨基酸的开发识别器将确保使用所有三种方法进行PTM检测的最大蛋白质覆盖率和动力学信息Proteus上的更高输出可实现更深入、更灵敏的PTM检测和基于多路复用面板的解决方案用于数据分析的人工智能通过三种方法充分提取我们NGPS输出中的大量动力学信息，用于PTM和变异检测和定量PTM访问三种互补方法可以组合使用的技术可确保在蛋白质组的任何地方都能获得最广泛的PTM
66 The Road to Proteus Launch
67从铂金到变形体——市场学习告知变形体要求和商业战略通用技术优先；定义应用程序第二样本预不可知广泛营销到发布时的所有细分市场定义应用程序优先；通用技术第二样本到报告工作流程用于高价值应用集中发布——在目标细分市场实现应用深度（s）氨基酸覆盖▲可靠性▲样本输入▼测序输出▲消耗性COGs ▼
68客户数据清晰研究人员需要广泛的能力来回答他们的生物学问题独特应用数量一二三或更多需要的PTMs数量一二三或更多潜在客户提交的50多个详细研究提案> 50%需要三种或更多类型的蛋白质分析应用在> 65%的情况下需要检测两种或更多的PTMs
69 A Look Inside an Academic Medical Center Basic Research Lab Core Lab Translational Lab Clinical Lab Academic Medical Center •广泛的应用兴趣•有限的基础设施•较低的利用率•许多技术在一个实验室中使用•重要的基础设施•高利用潜力•有针对性的应用；许多涉及PTM •价值自动化•高利用潜力•定义的应用内容；从样本到报告的工作流程•自动化是关键•给定重复样本测试的高利用潜力
70 Platinum案例研究— The Academic Medical Center Basic Research Lab Core Lab Translational Lab Clinical Lab Academic Medical Center良好的价值道具，但大多数用户利用率较低，仅限于mass spec adoption下游的反射测试，受限于当前技术能力，Platinum Pro无法访问
71与Platinum Pro相比，Nanowell阵列增加的测序输出和更低的成本广泛地使每次运行的样本更多，每个消耗品的输出为40倍，以对单个样本进行深度分析，以解决复杂的混合物或罕见事件，如变异或PTM复用样本，从而为蛋白质ID等成本敏感的应用实现更高的通量和更低的每个样本成本
72加快核心测序技术与分析解锁最高价值应用稳健PTM检测和多PTM谱单氨基酸变异检测测序抗体可变区生物威胁检测与监测
73 Proteus Automation极大地简化了测序工作流程，并使每次运行单个试剂模块的新实验室启动变得更加容易——只需拆箱并将您的样品（s）装入墨盒，然后按Run Over 30个单独的试剂管处理以处理四个样品，每个样品超过100个移液步骤
74构建合作伙伴生态加速应用开发+交付样本到报告的工作流程样本准备+丰富数据分析用AI的应用开发应用
在PTM和超低丰度蛋白质面板方面建立了75个新的行业合作伙伴关系• Carna Biosciences是向生物制药公司提供用于药物发现和分析的分析级激酶蛋白的领先供应商• Carna Biosciences正在评估使用QSI技术来评估和验证激酶的磷酸化谱•合作呈现出利用两个组织的互补优势和全球影响力的潜力• Siena Quant是SISCAPA控股公司——蛋白质组学样品富集领域的专家• Siena Quant正在实现超低丰度生物标志物的定量历来无法可靠测量的• QSI和Siena Quant将合作开发样本到报告的工作流程，供客户准确测量临床相关的生物标志物面板
76 Proteus将提高学术医疗中心的渗透深度相比铂单分子蛋白测序仍将是基础研究的有用工具高价值应用能力+通量增加=一线平台扩展的PTM能力+高价值靶向面板+自动化自动化+样本转报告工作流程为Proteus基础研究实验室核心实验室转化实验室临床实验室学术医疗中心开启这个实验室
77 Proteus将在广泛的终端市场实现单分子蛋白质测序学术研究制药+生物技术工业防御临床诊断转化研究农业
2026年Proteus发射路径上的78个里程碑外部客户合作启动（2026年夏季）完全集成系统上的端到端测序（Q2）铂金升级计划发布（Q3）仪器标价发布（Q2）Proteus原型完全集成系统上的内部V & V（Q4）测序交付并投入运营（Q1）发射（Q4）4Q25 1Q26 2Q26 3Q26 4Q26演示20氨基酸检测（Q4）Proteus发射能力发布（Q3）
79 QSI已做好充分准备，可以建立我们的先入市优势并将我们的领导地位延伸到未来通过一流的研发创新+执行开发路线图来扩展我们的技术领先优势，以提供引人注目的Proteus发布构建合作伙伴生态系统以加速应用程序开发+提供从样本到报告的工作流程使用Platinum Pro扩大用户群并为Proteus发布开拓市场