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历史沿革：
新疆百花村医药集团股份有限公司是经新疆生产建设兵团新兵发[1995]134号文批准，由新疆兵团商业贸易发展中心下属全资子公司--百花村饭店整体改组并与兵团石油公司、新疆芳草湖糖厂、新疆通久经济发展（集团）公司商业旅游服务总公司、兵团商业贸易总公司、华夏证券有限公司等共同发起，以募集方式设立的股份有限公司。
公司经中国证券监督管理委员会“证监发审字（1996）67号”和“证监发审字（1996）68号”文件批准，于1996年6月3日公开发行人民币普通股A股3000万股，并于1996年6月6日在上海证券交易所挂牌交易。1997年4月本公司第二次股东大会通过决议，以1996年末总股本6...查看全部▼
新疆百花村医药集团股份有限公司是经新疆生产建设兵团新兵发[1995]134号文批准，由新疆兵团商业贸易发展中心下属全资子公司--百花村饭店整体改组并与兵团石油公司、新疆芳草湖糖厂、新疆通久经济发展（集团）公司商业旅游服务总公司、兵团商业贸易总公司、华夏证券有限公司等共同发起，以募集方式设立的股份有限公司。
公司经中国证券监督管理委员会“证监发审字（1996）67号”和“证监发审字（1996）68号”文件批准，于1996年6月3日公开发行人民币普通股A股3000万股，并于1996年6月6日在上海证券交易所挂牌交易。1997年4月本公司第二次股东大会通过决议，以1996年末总股本61,275,000股为基数，按10:1的比例向全体股东送红股，按10:1.5的比例将资本公积转增股本。经中国证券监督管理委员会“证监上（1997）116号”文批准，公司以转送后股本76,593,750股为基础，按10:2.4的比例进行配股，于1998年2月完成配股工作。公司股本总额为94,801,360.00元。
2000年2月公司股东新疆兵团商业贸易发展中心以股权抵偿债务的方式受让了公司原股东新疆芳草湖糖厂持有本公司的社会法人股142.8088万股。根据2000年5月签订的《股权转让协议》，公司股东新疆兵团商业贸易发展中心将其持有的公司4285.1838万股国有法人股中的1422.0113万股转让给北京北亚工业科技开发集团、将948.0075万股转让给陕西大合实业集团公司、将259.754万股转让给西安市秦兴房地产开发有限公司。
2003年公司股东陕西大合实业集团公司将其持有本公司的社会法人股948.0075万股中的474.00375万股转让给新疆生产建设兵团国有资产经营公司、将474.00375万股转让给新疆八一钢铁集团有限责任公司；股东西安市秦兴房地产开发有限公司将其持有本公司的社会法人股259.754万股转让给新疆生产建设兵团国有资产经营公司。
2003年12月根据国务院国有资产监督管理委员会(国资产权函[2003]115号)《关于新疆百花村股份有限公司国有股权变动有关问题的批复》，将新疆兵团商业贸易发展中心、新疆生产建设兵团商业贸易总公司、新疆通久经济发展公司分别将持有本公司的国有法人股1655.411万股、110.825万股、100.75万股划转给新疆生产建设兵团国有资产经营公司持有；将新疆生产建设兵团石油有限公司持有本公司的国有法人股201.5万股转让给新疆生产建设兵团国有资产经营公司持有。
2004年10月公司股东北京北亚工业科技开发集团将其持有本公司国有法人股1422.0113万股转让给北京昌鑫国有资产投资经营公司。
经2007年4月25日第三届董事会第二十三次临时会议、2007年5月23日2007年度第一次临时股东大会审议通过，本公司向特定对象新疆生产建设兵团第六师国有资产经营有限责任公司（曾用名“农六师国有资产经营有限责任公司”，以下简称“第六师国资公司”）非公开发行股票购买资产的方案于2007年11月15日获中国证券监督管理委员会《关于核准新疆百花村股份有限公司向农六师国有资产经营有限责任公司购买资产暨非公开发行新股的通知》(证监公司字[2007]185号)的核准：以2007年4月25日董事会决议公告前二十个交易日股价收盘算术平均价格3.82元/股价格向第六师国资公司非公开发行4689万股，新股发行完成后，公司总股本变更为141,691,360.00元。
2007年12月17日公司《新疆百花村股份有限公司股权分置改革方案》经相关股东会议审议通过,股权分置改革方案为：非流通股股东向流通股股东执行4,739,378股对价股份、非流通股股东向公司捐赠现金26,303,660.50元；第六师国资公司将新疆拜城百花村煤业有限责任公司（曾用名“新疆天然物产贸易有限公司”，以下简称“拜城百花村煤业”）评估价值高于股票发行价款19,909,510.46元部分捐赠给公司，共同作为股改对价，同步实施，2008年1月24日股改方案履行完毕。
根据本公司2009年9月28日2009年第一次临时股东大会决议和修改后的章程规定，本公司申请新增的注册资本为人民币127,160,595.00元，由第六师国资公司、新疆生产建设兵团投资有限责任公司（以下简称“兵团投资公司”）、新疆生产建设兵团勘测规划设计研究院（以下简称“兵团研究院”）、新疆生产建设兵团建设工程(集团)有限责任公司（以下简称“兵团建工集团”）、阿拉尔统众国有资产经营有限责任公司（以下简称“统众国资”）认缴，占新增注册资本的100%，出资方式为公司与第六师国资公司、兵团投资公司、兵团研究院、兵团建工集团、统众国资分别签署的《发行股份购买资产协议书》和《<发行股份购买资产协议书>之补充协议》：公司向农六师国资公司、兵团投资公司、兵团研究院、兵团建工集团购买其分别持有的新疆大黄山鸿基焦化有限责任公司（以下简称“鸿基焦化”）63%、27%、7.5%、2.5%股权，向第六师国资公司购买其持有的新疆大黄山豫新煤业有限责任公司（以下简称“豫新煤业”）51%股权，以及向统众国资购买其持有的拜城百花村煤业30%股权。公司以向上述交易对方非公开发行股份的方式支付本次股权购买的对价。新股发行完成后，公司总股本变更为268,851,955.00元。
根据公司六师国资公司、阿拉尔统众国资公司签订的《盈利预测补偿协议》及《补充协议》，公司于2015年1月29日，对公司补偿股份20,327,648股予以回购，转入公司设立的证券账户，回购股份占回购前公司总股本的7.56%，回购总价款为人民币2.00元。公司已于2015年2月2日在中国证券登记结算有限责任公司上海分公司注销了所回购股份，并办理完毕相关手续。公司股份总数已变更为248,524,307股。公司于2015年8月20日取得了变更后的工商营业执照。
2016年1月8日六师国资公司、兵团投资公司、新疆生产建设兵团国有资产经营公司（以下简称“兵团国资公司”）、新疆兵团勘测设计院（集团）有限责任公司（以下简称“兵团设计院”）与上海礼颐投资管理合伙企业（有限合伙）（以下简称“礼颐投资”）和西藏瑞东财富投资有限责任公司（以下简称“瑞东资本”）签署《股权转让协议》，并经国务院国有资产监督管理委员会国资产权（2016）63号文批准，六师国资委、兵团国资公司、兵团投资公司及兵团设计院分别向礼颐投资管理的礼颐医药产业投资基金转让持有的本公司7,744,807股、1,256,265股、892,782股和432,555股股份，共计10,326,409股，占本公司总股本的4.16%；分别向瑞东资本及其管理的瑞东医药投资基金转让持有的本公司22,255,193股、3,609,958股、2,565,466股、1,242,974股股份，共计29,673,591股，占本公司总股本的11.94%。
2016年3月因执行《新疆生产建设兵团乌鲁木齐市垦区人民法院民事裁定书》（（2015）乌垦民二初字第51-1号），六师国资公司将所持有本公司7,463,102股股份过户至阿拉尔统众国有资产经营有限责任公司。
经公司2016年1月12日第六届董事会第五次会议、2016年3月3日第六届董事会第六次会议及2016年3月25日召开的公司2015年度股东大会审议通过，并经中国证券监督管理委员会证监许可[2016]1676号《关于核准新疆百花村股份有限公司向张孝清等发行股份购买资产并募集配套资金的批复》的核准，公司于2016年9月非公开发行100,458,816股，用以向张孝清、江苏高投创新科技创业投资合伙企业（有限合伙）（以下简称“高投创新”）、江苏高投宁泰创业投资合伙企业（有限合伙）（以下简称“高投宁泰”）、南京中辉股权投资企业（有限合伙）（以下简称“南京中辉”）、南京威德股权投资企业（有限合伙）（以下简称“南京威德”）、蒋玉伟、汤怀松、桂尚苑、上海礼安创业投资中心（有限合伙）（以下简称“上海礼安”）购买其持有的南京华威医药科技开发有限公司的100%股权，发行价格为12.28元/股，变更后的总股本为348,983,123.00元。公司于2016年12月，完成了非公开发行有限售条件股票51,403,271股，增加注册资本51,403,271.00元，变更后总股本为400,386,394.00元。
本公司董事会2019年1月25日通过控股股东新疆生产建设兵团第六师国有资产经营有限责任公司将所持百花村公司全部股份进行转让的决议，2019年4月23日，第六师国资公司与最终受让方新疆华凌工贸（集团）有限公司签订了附生效条件的《股份转让协议》。公司于2019年7月11日收到第六师国资公司的告知函，第六师国资公司已于2019年7月3日收到华凌集团剩余股份转让款，并于2019年7月11日收到中国证券登记结算有限责任公司出具《过户登记确认书》，第六师国资公司与华凌集团的股权转让事宜已完成过户登记手续。本次权益变动后，华凌集团持有公司股份79,525,087股，占公司股份总数的19.86%;第六师国资公司不再持有公司股份，上述权益变动后，公司控股股东变更为华凌工贸（集团）有限公司。
为凸显公司业务特色，2021年7月12日，将原名称“新疆百花村股份有限公司”更名为“新疆百花村医药集团股份有限公司”，统一社会信用代码为916500007129676234，同时经营范围增加医药相关项目。
2023年8月，公司2021年股票期权激励计划首次授予的第二个行权期，预留股票期权第一个行权期可行权人员合计176名，可行权数量合计3,937,175份。2023年度实际行权总量4,021,060份，行权价格为4.98元/股。行权后公司总股本为381,692,645.00元。
2024年1-6月实际行权总量300,625份，行权价格为4.98元/股，行权后公司总股本为381,993,270元。收起▲
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